add compile script

Author: mariojmdavid

udocker-files/compile-gromacs-gpu.sh

@@ -13,4 +13,4 @@ module load python
 cd $TUT_DIR
 
 echo "###############################"
-udocker run -v=$TUT_DIR/gromacs:/home/user -w=/home/user grom_gpu /home/user/compile.sh
+udocker run -v=$TUT_DIR/gromacs-gpu:/home/user -w=/home/user grom_gpu /home/user/compile.sh

udocker-files/gromacs-gpu/compile.sh

@@ -0,0 +1,15 @@
+#!/bin/bash
+PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin
+LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/gromacs/lib
+gromacs_ver=2025.4
+
+cd /tmp
+wget --no-check-certificate https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-${gromacs_ver}.tar.gz
+tar zxvf gromacs-${gromacs_ver}.tar.gz
+cd gromacs-${gromacs_ver}
+mkdir -p /tmp/gromacs-${gromacs_ver}/build
+cd /tmp/gromacs-${gromacs_ver}/build
+cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=CUDA
+make \
+make install \
+rm -rf /tmp/gromacs-${gromacs_ver}*