When images are aquired in mono8 format (.msilc) the configuration of the Pyopia pipeline (config.toml) has to be changed in more steps than intuituvely should be necessary.
for example:
- the [steps.imageprep] should be skipped (commented) due to not beeing necesarry and also foring an ERROR and skipiing the images
- [steps.segmentation] : change the segment_source = "im_corrected" (since imageprep is commented)
- [steps.statextract] : change the roi_source = "im_corrected", This in not intuituve without inpectiong the python code to se what input data the core function is using in the processing step.
- ALSO the [steps.statextract] produces a WARNING Process-1 [process.statextract] WARNING! Unexpected image dimension. extract_particles modified for 2-d images without color! when the pipeline is "forced" into MONO8 compatibility.
comment from RN: egentlig virker dette som en hack, bedre tilnærming hadde vært å kreve at im_corrected skal være 3D (så fikses oppstrøms av et eget steg for eksempel), eller implementere eksplisitt støtte for både 2D og 3D i statextract. Det henger litt sammen med at klassifisering og oppmåling av partikkeldimensjoner burde være skilt ad.
When images are aquired in mono8 format (.msilc) the configuration of the Pyopia pipeline (config.toml) has to be changed in more steps than intuituvely should be necessary.
for example:
comment from RN: egentlig virker dette som en hack, bedre tilnærming hadde vært å kreve at im_corrected skal være 3D (så fikses oppstrøms av et eget steg for eksempel), eller implementere eksplisitt støtte for både 2D og 3D i statextract. Det henger litt sammen med at klassifisering og oppmåling av partikkeldimensjoner burde være skilt ad.