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针对生物网站开发，如果涉及到基因组的展示，建议后端开发人员先学习了解以下基础知识：

• 基因的DNA双螺旋结构
• 碱基反向互补原则
• 中心法则
• 学习基因信息的存储方式以及格式的区别......

对于前端页面设计者，最有挑战的是设计灵活、符合项目需求的DNA可视化界面。此处的灵活可能包括的功能有：

• 像文本工具一样的选择、复制、粘贴、搜索、插入等功能；
• 定位查找；
• zoom in and out；
• 不同属性的部分展示不同的样式；
• 根据用户操作实时变化试图；

1. 常用数据库

生信 / 数据库 / 分类整理

生信分析常用基因组数据库汇总

生物数据库众多，不同分类标准有对应不同的数据库，但是最常用的有：

• NCBI目前最常用的综合性基因组数据库;

• Ensembl

• UCSC

• Swiss-Prot/Uniprot

• Pfam

• PDB

• Reactome

• KEGG

• Biomodels

2. 数据格式

2.1 常见基因组文件格式

UCSC上总结的所有基因组文件类型，以及对应的格式

最常见的主要是以下几种：

• FASTA
• FASTQ
• GFF/GTF
• SAM
• BAM
• 其他

在有的情况下可能需要我们自己解析GenBank格式的文件, 而解析方法可以直接使用biopython

2.2 生物模型格式

• SBML
• SBOL

2. 常用软件工具

2.1 Bash scripts

• QC: fastqc, multiqc
• Reads to contigs: velvet, SPAdes, Cufflinks...
• Align reads to reference sequence: SHRiMP, Bowtie2, BWA, tophat...
• Variant identification: GATK
• SAMTools
• bedtools
• Alignment:
  • BLAST
  • Clustal Omega
  • Clustalw2
  • Kalign
  • MAFFT
  • MUSCLE

2.2 Python

• BioPython ! ! ! ! !

3. Web Development/Visualization/Plugin

3.1 基因组浏览器

• IGV官网（可下载桌面应用），IGV.js浏览器插件
• Embed the UCSC genome browser graphic in your web page
• GIVE - Genomic Interaction Visualization Engine
• NCBI Graphical Sequence Viewer Embedding API, Using the Sequence Viewer Embedding API
• JBrowse Configuration Guide, GitHub
• WebApollo Configuration
• Epigenome

还有些github开源项目：

• Teselagen OpenVectorEditor
• nebiolabs IGV-snapshot-automator

3.2 统计图表展示

• Plotly.js
• CanvasJS
• TOAST UI Chart
• GoJS is a JavaScript diagramming library for interactive flowcharts, org charts, design tools, planning tools, visual languages.
• C3.js is a D3-based reusable chart library.
• dimple is an object-oriented API for business analytics powered by D3.
• Charted, by Medium, is a tool that automatically visualizes data. You just give it a link to a data file. (You can read more about it at Medium.)
• Smoothie Charts can be helpful, if you are dealing with stream real-time data.
• Chartkick.js is a library that allows you to create beautiful charts with one line of JavaScript.
• Morris.js is a powerful library with a clean interface. It allows you to create good-looking charts with ease. It’s based on jQuery and the Raphaël JavaScript library.

3.3 网络图

• ESCHER

生物信息相关知识-思维导图

made by @jmzeng1314