matmax

#!/bin/bash
#Copyright 2018 Maxime Jay-Allemand
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pathressource=$(dirname $0)"/lib/"

#cas d'une installation sur le système
if [ -e /usr/local/bin/matmax ]
then
    $pathressource=/usr/local/lib/statmax/
fi
  
if [[ -z $1 ]]
then
    echo "Statmax is a tiny statistical software written in awk !"
    echo "Statmax is released under the GNU licence"
    echo "Type statmax --help to see options"
    exit 0  
fi

#Liste des arguments
opt=""
kfile=0
until [ $# = 0 ]
do
case $1 in
    -m|--mode)
    shift
    mode="${1}"
    shift
    ;;
    -f1|--file1)
    shift
    file1="${1}"
    shift
    ;;
    -f2|--file2)
    shift
    file2="${1}"
    shift
    ;;
    --skipline)
    shift
    skipline=${1}
    shift
    opt=$opt" -v skipline="$skipline
    ;;
    --scalefactor)
    shift
    scalefactor=${1}
    shift
    opt=$opt" -v scalefactor="$scalefactor
    ;;
    --addscalaire)
    shift
    addscalaire=${1}
    shift
    opt=$opt" -v addscalaire="$addscalaire
    ;;
    --scalefunction)
    shift
    scalefunction=${1}
    shift
    opt=$opt" -v scalefunction="$scalefunction
    ;;
    --modecompmat)
    shift
    modecompmat=${1}
    shift
    opt=$opt" -v modecompmat="$modecompmat
    ;;
    --xdim)
    shift
    xdim=${1}
    shift
    opt=$opt" -v xdim="$xdim
    ;;
    --ydim)
    shift
    ydim=${1}
    shift
    opt=$opt" -v ydim="$ydim
    ;;
    --cellsize)
    shift
    cellsize=${1}
    shift
    opt=$opt" -v cellsize="$cellsize
    ;;
    --xllcorner)
    shift
    xllcorner=${1}
    shift
    opt=$opt" -v xllcorner="$xllcorner
    ;;
    --yllcorner)
    shift
    yllcorner=${1}
    shift
    opt=$opt" -v yllcorner="$yllcorner
    ;;
    --geomatrix)
    shift
    geomatrix="geomatrix=1"
    shift
    opt=$opt" -v "$geomatrix
    ;;
    --xstart)
    shift
    xstart=${1}
    shift
    opt=$opt" -v xstart="$xstart
    ;;
    --ystart)
    shift
    ystart=${1}
    shift
    opt=$opt" -v ystart="$ystart
    ;;
    --minvalue)
    shift
    minvalue=${1}
    shift
    opt=$opt" -v minvalue="$minvalue
    ;;
    --maxvalue)
    shift
    maxvalue=${1}
    shift
    opt=$opt" -v maxvalue="$maxvalue
    ;;
    --trunctype)
    shift
    trunctype=${1}
    shift
    opt=$opt" -v trunctype="$trunctype
    ;;
    --nan)
    shift
    nan=${1}
    shift
    opt=$opt" -v nan="$nan
    ;;
    --datablock)
    shift
    datablock=${1}
    shift
    opt=$opt" -v datablock="$datablock
    ;;
    --lstart)
    shift
    lstart=${1}
    shift
    opt=$opt" -v lstart="$lstart
    ;;
    --lend)
    shift
    lend=${1}
    shift
    opt=$opt" -v lend="$lend
    ;;
    --fs)
    shift
    fs=${1}
    shift
    opt=$opt" -F fs="$fs
    ;;
    --awk)
    shift
    awkparam=${1}
    shift
    opt=$opt" -v "$awkparam
    ;;
    --help)
        echo "Liste des options disponibles :"
        echo "-m|--mode :"
        echo "	* = Action à exécuter dans la liste suivante (défault checkmat) :"
        echo "      flip : transpose le fichier d'entrée"
        echo "      diffmat : Différence entre 2 matrices : A-B"
        echo "      absreldiffmat : différence absolue reltive entre 2 matrice : abs(A-B)/abs(B)"
        echo "      compmat: comparaison de 2 matrice : centereddiffmat,centeredfracmat,centeredrelativfracmat,centeredreductionfracmat,diffabsoluterelative... and many more see the source code compmat.awk"
        echo "      addmat : Somme membre à membre de 2 matrice"
        echo "      prodmat : Produit membre à membre de 2 matrice"
        echo "      fracmat : fraction membre à membre de 2 matrice (matmax --fracmatrix A B compute A/B)"
        echo "      scalemat : Mise à l'echelle d'une matrice selon scalefactor*x+addfactor"
        echo "      derivmat : Calcul la différence entre 2 valeurs consécutives en colonnes"
        echo "      truncatemat : Tronque les valeurs d'une matrice par une borne min et max"
        echo "      linearisemat : Linéarise une matrice vers un vecteur"
        echo "      unlinearisemat : Transforme un vecteur vers une matrice"
        echo "      initmat : Initialise une matrice"
        echo "      extractmat : Extrait une partie d'une matrice"
        echo "      cut : cut datafile from lstart lines to lend line"
        echo "      checkmat : Vérifie l'intégrité des données d'une matrice"
        echo "      split : split a datafile by block"
        echo "      crop: extract/crop/cut matrix values within a path given by w,y corrds. file1 is the matrix. file2 is the path (2 columns wit x and y coords)"
        echo ""
        echo "*"
        echo "	Une chaine de caratère seule sera considéré comme étant le chemin relatif ou absolu vers le fichier d'entrée"
        echo ""
        echo "-f1|--file1"
        echo "  * = nom du fichier 1 à traiter"
        echo ""
        echo "-f2|--file2"
        echo "	* = nom du fichier 2 à traiter"
        echo ""
        echo "--skipline"
        echo "	* = nombre de ligne à sauter en début de fichier"
        echo ""
        echo "--scalefactor"
        echo "	* = Mise à l echelle par un facteur multiplicateur"
        echo ""
        echo "--addscalaire"
        echo "	* = Mise à l echelle par un scalaire que l'on additionne"
        echo ""
        echo "--scalefunction"
        echo "	* = Mise à l echelle par une fonction : lineaire, exp, log, sqrt, power, abs"
        echo ""
        echo "--modecompmat"
        echo "	* = mode de comparaison du mode compmat : centereddiffmat,centeredfracmat,centeredrelativfracmat,centeredreductionfracmat"
        echo ""
        echo "--xdim"
        echo "	* = nombre de lignes"
        echo ""
        echo "--ydim"
        echo "	* = nombre de colonnes"
        echo ""
        echo "--xstart"
        echo "	* = numéro de lignes"
        echo ""
        echo "--ystart"
        echo "	* = numéro de colonnes"
        echo ""
        echo "--lstart"
        echo "  * = numéro de ligne de début pour cut"
        echo ""
        echo "--lend"
        echo "  * = numéro de ligne de fin pour cut"
        echo ""
        echo ""
        echo "--minvalue"
        echo "	* = truncate at min value"
        echo ""
        echo "--maxvalue"
        echo "	* = truncate at max value"
        echo ""
        echo "--trunctype"
        echo "  * = way to tuncate the matrix among these two options :"
        echo "      [bounds] : by the bounded values"
        echo "      [nan] : by nan value."
        echo "      Use --minvalue or --maxvalue as bounded value. If option [bounds], matrix will be toncated toward these minimum or a maximum values. If option [nan], vlues outside bounds will take the nan value. Use --nan to define the nan value"  
        echo ""
        echo "--nan"
        echo "  * = the nan value, by default it is set to NA."
        echo ""
        echo "--datablock"
        echo "  * = the Nht block of the file, by default it is set to NA and the file is splited. All blocks are succesively printed into new numbered files. By default block separators are blank lines. Each block correspond to one different record and the Awk record separator RS control this behavior. By default RS is set to RS= (empty). Thus each blank line are treated as a records separator. The records separator can be adjusted by passing the awk parameter RS. For instance, setting RS='\n' revert the records separator to the standard (i.e newline) and thus each line will be considered as 1 block !"
        echo ""
        echo "--fs"
        echo "	* = caractère de séparation des colonnes"
        echo ""
        echo "--awk"
        echo "  * = pass any awk parameters. example : --awk='RS=RECORDSEPARATOR'"
        exit 0
    ;;
    *)
        if [ -e $1 ] && [ -f $1 ]
        then
            kfile=$((kfile+1))
            #It likely input files
            eval file$kfile=$1
            shift
        else
            echo "Unknown parameter or file does not exist : " ${i}
            echo "type --help to show available options"
            exit 1
        fi
    ;;
esac
done



#echo $mode
#echo $file1
#echo $opt

if [ -z $mode ]
    then
       #si mode est abscent, on print les stats (default)
       mode="checkmat"
fi

case $mode in
	flip)
	    #echo "flip matrix"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}flip.awk $file1 
	;;
	diffmat)
	    #echo "Effectue la différence membre à membre de 2 matrice de meme taille"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}diffmatrix.awk $file1 $file2 
	;;
	absreldiffmat)
	    #echo "Effectue la différence relative absolue membre à membre de 2 matrice de meme taille"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}absoluterelativediffmatrix.awk $file1 $file2 
	;;
	compmat)
	    #echo "Effectue la comparaison entre  2 matrice de meme taille"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}compmat.awk $file1 $file2 
	;;
	addmat)
	    #echo "Effectue la somme membre à membre de 2 matrice de meme taille"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}addmatrix.awk $file1 $file2 
	;;
	prodmat)
	    #echo "Effectuel le produit membreà membre de 2 matrice de meme taille"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}prodmatrix.awk $file1 $file2 
	;;
	fracmat)
	    #echo "Effectuel le produit membreà membre de 2 matrice de meme taille"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}fracmatrix.awk $file1 $file2 
	;;
	scalemat)
	    #echo "met à l'echelle une matrice par un facteur multiplicateur et/ou en addionnant un scalaire"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}scalematrix.awk $file1
	;;
	derivmat)
	    #echo "met à l'echelle une matrice par un facteur multiplicateur et/ou en addionnant un scalaire"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}derivmatrix.awk $file1
	;;
	truncatemat)
	    #echo "Tronque un matrice avec une valeur min et/ou max"
	    if [ -z $minvalue ]
	    then
	        minvalue="na"
	        opt=$opt" -v minvalue="$minvalue
	    fi
	    if [ -z $maxvalue ]
	    then
	        maxvalue="na"
	        opt=$opt" -v maxvalue="$maxvalue
	    fi
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}truncmatrix.awk $file1
	;;
    linearisemat)
        opt=${opt}" -v mode_linmat=linearise"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}linearisematrix.awk $file1
    ;;
    unlinearisemat)
        opt=${opt}" -v mode_linmat=unlinearise"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}linearisematrix.awk $file1
	;;
	initmat)
	    #echo "initialise une matrice"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}initmatrix.awk /dev/null
	;;
	extractmat)
	    #echo "initialise une matrice"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}extractmatrix.awk $file1
	;;
	cut)
	    #echo "cut un fichier"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}cut.awk $file1
	;;
	crop)
	    #echo "cut un fichier"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}crop.awk $file1 $file2
	;;
	checkmat)
	    #echo "check les données"
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}checkmatrix.awk $file1
	;;
	split)
	    #echo "split un fichier"
	    opt=" -v RS= "$opt
	    awk $opt -f ${pathressource}func.awk -f ${pathressource}split.awk $file1
	;;
	*)
	    echo "--mode="$mode" : ??? Sorry, this statistic doesn't still exist. But you can code it !"
	;;
esac