FastaFileConsole.java

package biomarker1;
/*
a Fastfile class for reading
*/

import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.util.ArrayList;

public class FastaFileConsole {                                                 //a fasta file reader

    ArrayList<Secuencia> secuencias;

    public void use(String path) {
        ArchivoFasta af = new ArchivoFasta();
        this.secuencias = af.AbrirArchivo(path);                                //stablish the path for file read
        int t = af.Tamaño();
        System.out.println("Número de secuencias: " + t);
    }

    public ArrayList armaSeqs() {
        ArrayList seqs = new ArrayList();
        for (int x = 0; x < secuencias.size(); x++) {
            seqs.add((String) secuencias.get(x)._secuencia);                    //build an arrayList with the sequences
        }
        return seqs;
    }

    public ArrayList armaNames() {                                              //build an arrayList with the sequences names
        ArrayList names = new ArrayList();
        for (int x = 0; x < secuencias.size(); x++) {
            names.add((String) secuencias.get(x)._nombre);
        }
        return names;
    }

    public static class Secuencia {

        public String _nombre;
        public String _secuencia;
    }

    public static class ArchivoFasta {

        public ArrayList<Secuencia> secuencias;

        public ArrayList<Secuencia> AbrirArchivo(String ruta) {
            secuencias = new ArrayList<Secuencia>();
            int numero = 1;
            try {
                BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(ruta));
                String line = null;
                while ((line = in.readLine()) != null) {                        //read the file while there is still a line left
                    int n = line.length();
                    if (n > 0) {
                        boolean i = line.startsWith(">");
                        if (i) {
                            Secuencia _s = new Secuencia();
                            _s._nombre = line;
                            secuencias.add(_s);
                        } else {
                            if (secuencias.get(secuencias.size() - 1)._secuencia == null) {
                                secuencias.get(secuencias.size() - 1)._secuencia = line;
                            } else {
                                secuencias.get(secuencias.size() - 1)._secuencia += line;
                            }
                        }
                    }
                }
                in.close();
            } catch (IOException ex) {
                System.out.println(numero);
                System.out.println(ex.getMessage());
            }
            return secuencias;
        }

        public Secuencia BuscarCadena(int n) {
            if (n < Tamaño()) {                                                 //returns a given sequence with its index number
                return secuencias.get(n);
            } else {
                return null;
            }
        }

        public int Tamaño() {
            return secuencias.size();
        }
    }
}