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面向科学学习与研究的本地优先智能知识工作台。
把 Markdown 笔记、论文阅读、化学工具、知识图谱、AI 问答和学习反馈放进同一个桌面应用。
Nexus · Scientist Obsidian 是一个桌面端科学知识管理应用，目标是给学习者、研究者和重度笔记用户提供一个更完整的本地工作台。
它不像传统笔记软件只负责保存文本，也不像单一 AI 工具只负责问答。它把知识库、论文阅读、化学计算、语义搜索、图谱导航和学习反馈合在一起，让你的资料、想法、结构化工具和 AI 上下文留在同一个工作流里。
项目默认采用本地优先设计：你的 vault 文件、索引状态和核心数据都优先保存在本机。AI 能力可以接入外部模型，但应用本身不把云端作为知识库的默认归宿。
- 需要长期维护 Markdown 知识库的学生、研究者和工程用户。
- 经常阅读 PDF、整理论文、建立知识链接的人。
- 需要化学绘图、分子预览、谱图解析、化学计量、晶体/对称性工具的学习与科研场景。
- 想把 AI 问答、语义搜索和 RAG 上下文接入个人资料库，而不是停留在一次性聊天的人。
- 喜欢 Obsidian 式本地知识库，但希望科学工具和 AI 工作流更深地集成在桌面应用里的人。
- Markdown 笔记、文件树、标签树、双向链接和反链。
- LaTeX 数学公式、任务列表、表格、代码块和富文本编辑体验。
- 全局知识图谱，用节点关系查看笔记、标签和链接结构。
- PDF 阅读、高亮、手写 ink、批注、metadata 和 anchor 持久化。
- 笔记与文献可以在同一个 vault 中组织，减少资料和想法分散。
- Ketcher 分子编辑与分子预览。
- 波谱解析、化学计量、高分子动力学、晶体工具。
- 点群/对称性分析和逆合成相关接口。
- 语义搜索、相关笔记、embedding cache 和 RAG 上下文构建。
- Chat 工作流可以围绕当前 vault、当前笔记和检索结果展开。
- AI 只是知识工作流的一部分，而不是替代你的本地资料库。
- study session、学习统计和 heatmap。
- product compute / TRUTH_SYSTEM 反馈面板，用于观察知识库和学习行为的状态。
Nexus · Scientist Obsidian 使用 React + Tauri 构建桌面体验，并把长期稳定的规则和数据真相收口到 C++20 sealed kernel 中。
React 19 UI
|
| Tauri commands
v
Rust host bridge
|
| sealed_kernel_bridge.*
v
C++20 sealed kernel
|
+-- SQLite storage
+-- vault / path rules
+-- note / search / tag / graph query surfaces
+-- PDF / chemistry / symmetry / crystal / AI / study / product compute contracts
+-- recovery and regression gates
这个分层的目的很直接：桌面 host 专注窗口、平台能力和交互编排；kernel 持有会影响长期数据、查询行为、计算结果和跨宿主兼容性的规则。
.
|-- README.md # 中文 README
|-- README_EN.md # English README
|-- apps/
| `-- tauri/ # 当前桌面应用：React + Tauri + Rust bridge
|-- docs/ # 仓库级集成与结构说明
`-- kernel/ # C++20 sealed kernel、测试、文档、benchmark
|-- include/kernel/ # public C ABI
|-- src/internal/ # kernel 内部头文件
|-- src/impl/core/ # 按 public surface 分组的核心实现
|-- tests/ # API / parser / search / watcher 测试
|-- benchmarks/ # startup / IO / rebuild / query gate
`-- docs/ # ADR、contract、regression matrix、governance
kernel/src/impl/core/ 已按 public surface 分组，包括 AI、attachments、chemistry、crystal、diagnostics、domain、notes、PDF、product、runtime、search、study 和 symmetry 等模块。
- 项目名称：Nexus · Scientist Obsidian
- 目标仓库名：
Nexus-Scientist-Obsidian - 当前 host：Tauri desktop app
- 核心内核：C++20 sealed kernel
- Kernel milestone：
stage-phase2-track5-gated - Phase 1：host-stable kernel baseline complete
- Phase 2 Track 1-5：complete and gated
- Windows
- Visual Studio 2022 Build Tools with C++ workload
- CMake 3.21+
- Node.js 18+
- Rust 1.77+ 以及 Tauri 2 prerequisites
在这台机器上，kernel 构建环境通常从这里进入：
E:\Dev\bin\kernel-dev-x64.cmdcd kernel
cmake --preset dev
cmake --build --preset build-debug
ctest --preset test-debug常用 focused targets：
cmake --build --preset build-debug --target chem_kernel
cmake --build --preset build-debug --target kernel_api_tests
cmake --build --preset build-debug --target kernel_phase_gate
cmake --build --preset build-releasecd apps/tauri
npm install
npm run dev
npm run build
npm run test:run
npx tauri dev
npx tauri buildnpm run dev 启动 Vite 前端；npx tauri dev 启动完整桌面应用路径。
这个仓库只保留中文和英文两份 README。细节文档放在更准确的位置：
- 仓库结构：
docs/repo-structure.md - 集成计划：
docs/integration-plan.md - kernel 当前状态：
kernel/docs/status/kernel-phase1-status.md - kernel 架构规则：
kernel/docs/architecture/multi-discipline-kernel-design-rules-v1.md - kernel ADR：
kernel/docs/adr/ - kernel contracts：
kernel/docs/contracts/ - kernel public surfaces：
kernel/docs/surfaces/ - kernel regression matrices：
kernel/docs/regression/ - kernel governance：
kernel/docs/governance/
Nexus · Scientist Obsidian 延续自 GTC2080/Nexus 的产品方向：本地优先、面向知识管理、AI 辅助和科学学习。
原先的 Rust 后端 Nexus 将不再作为主要更新线继续推进。后续功能开发、架构演进和 kernel 工作重心转移到本仓库。
Nexus
local-first AI knowledge workspace
|
v
Nexus · Scientist Obsidian
science-focused local knowledge workspace