ChatPyMOL

用自然语言和 PyMOL 原生界面共同编辑蛋白、核酸与配体，并保留可回溯的场景版本。

在线体验

打开 chatpymol.com，无需注册即可开始。左侧是对话历史，中间用自然语言描述修改，右侧实时显示 PyMOL 场景；每次修改都可以回看、撤销、继续编辑并导出结构文件、PML、PSE 或图片。

本地 Agent 版本

本地版本不需要把 API Key 配置给 ChatPyMOL，也不把私密对话上传到 ChatPyMOL。把下面这段 Prompt 复制给 Codex、Claude Code、Trae、WorkBuddy 或其他支持本地命令 / stdio MCP 的 Agent：

请帮我在本机安装并连接 ChatPyMOL，让你当前的本地对话可以用自然语言驱动浏览器中的 PyMOL。

仓库：https://github.com/IveGotMagicBean/ChatPyMol

请按以下步骤操作：
1. 克隆或更新仓库，确认 Node.js >= 22。
2. 在仓库根目录执行 npm ci --ignore-scripts、npm run build、npm install -g .。
3. 执行 chatpymol local start --open，让服务只监听 127.0.0.1；不要改成 0.0.0.0，也不要要求我提供云端服务地址。
4. 在你当前 Agent 的本地 MCP 配置中注册：command 为 chatpymol，args 为 ["mcp", "--local"]。
5. 如果 Agent 支持会话 hooks，使用仓库中对应的本地适配器；否则通过 MCP 工具显式创建或选择一个 ChatPyMOL Session。
6. 打开浏览器工作区后，先调用 get_session 和 get_browser_link 验证连接。

完成后告诉我：本地服务地址、当前 ChatPyMOL Session，以及我可以直接说“载入 1UBQ 并把 Lys48 标成黄色”开始使用。后续所有结构修改都必须实际调用 ChatPyMOL MCP 工具提交，不要只生成命令说明；每个 Agent 会话要继续使用同一个 Session。

之后直接在原来的 Agent 对话中说：

使用 ChatPyMOL，在当前本地工作区载入 1UBQ；打开浏览器，并把后续修改同步到 PyMOL。

本地 Agent 可以同时管理多个 Session；每个 Session 可以放多个蛋白、核酸和配体。结构文件、PML、版本和事件都保存在本机用户数据目录。ChatPyMOL 只负责本地可视化与版本协作，模型请求仍由你当前 Agent 使用的模型提供商处理。

从源码运行

git clone git@github.com:IveGotMagicBean/ChatPyMol.git
cd ChatPyMol
npm ci --ignore-scripts
npm run dev

开发页面：http://localhost:5173。生产模式运行 npm run build && npm start，页面默认在 http://localhost:8787。

说明

• ChatPyMOL 是独立的社区开源项目，不是 Schrödinger, LLC 的官方产品。
• 浏览器版基于 Open-Source PyMOL / PyMOL-WASM，适合交互式展示、编辑和导出；大型结构仍受浏览器内存限制。
• 问题和建议请提交 GitHub Issue，或邮件联系 542058929@qq.com。

许可证与安全

请勿把 API Key、浏览器设备令牌或私密结构数据提交到 Git。安全问题请先阅读 SECURITY.md。