feat: refresh docker deployment and cu12 requirements

.dockerignore

@@ -1,5 +1,8 @@
 .git
 .gitignore
+fastapi_app/.env
+deploy/docker.env
+deploy/profiles/*.env
 __pycache__/
 *.pyc
 *.pyo

.gitignore

@@ -328,3 +328,4 @@ deploy/precise_clean.sh
 # Runtime temp directories
 /tmp*/
 /outputs/system/tmp/
+deploy/docker.env

DEPLOY.md

@@ -1,7 +1,52 @@
 # Paper2Any Deployment
 
+## 0. 运行前依赖边界
+
+这个项目现在需要区分 4 类依赖，不要再把它们都塞进一个 requirements 里：
+
+- `requirements-base.txt`
+  通用 Python 运行时依赖。
+- `requirements-paper.txt`
+  论文 / PDF / 科研绘图相关额外 Python 包。
+- `requirements-cu12.txt`
+  NVIDIA Linux + CUDA 12 的额外 GPU 运行时包。
+- `requirements-system-ubuntu.txt`
+  Ubuntu/Debian 系统工具包名，不是 Python 包。
+
+几个关键事实：
+
+- `ffmpeg`
+- `libreoffice/soffice`
+- `inkscape`
+- `poppler-utils`
+- `wkhtmltopdf`
+- `tectonic`
+
+这些都不是 `pip` 包。
+
+当前 `deploy/start.sh` / `deploy/start_nv.sh` / `deploy/start_muxi.sh` 只负责：
+
+- 读取 profile
+- 选择 Python
+- 校验部分 Python 运行时
+- 启动模型服务 / 后端 / 前端
+
+它们**不会自动安装系统包**，也**不会自动安装 npm / conda / pip 依赖**。
+
 ## 1. 配置文件职责
 
+## 0. 先决定用哪套 `.env`
+
+现在推荐先做这个选择：
+
+- **粗粒度模式**：`fastapi_app/.env.simple.example` + `frontend-workflow/.env.simple.example`
+- **细粒度模式**：`fastapi_app/.env.example` + `frontend-workflow/.env.example`
+
+建议：
+
+- 大多数部署直接先用粗粒度模式
+- 只有需要逐个 workflow 控模型/provider 时，再切细粒度模式
+
 这个项目现在只保留三类配置文件，各管各的，不要重复写同一套 URL / key。
 
 ### `fastapi_app/.env`
@@ -264,6 +309,10 @@ bash deploy/stop_stack.sh
 ### 仅启动后端
 
 ```bash
+set -a
+source deploy/profiles/nv.env
+set +a
+
 bash deploy/start.sh
 ```
 

Dockerfile

@@ -1,15 +1,22 @@
-FROM python:3.11-slim
+ARG PYTHON_BASE_IMAGE=python:3.11-slim
+FROM ${PYTHON_BASE_IMAGE}
+
+ARG INSTALL_CUDA=0
 
 WORKDIR /app
 
 ENV PYTHONUNBUFFERED=1 \
     PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 \
     PIP_NO_CACHE_DIR=1 \
-    PIP_DISABLE_PIP_VERSION_CHECK=1
+    PIP_DISABLE_PIP_VERSION_CHECK=1 \
+    PIP_ROOT_USER_ACTION=ignore \
+    PAPER2ANY_RUNTIME_TMPDIR=/app/outputs/system/tmp
 
 RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
     build-essential \
+    ca-certificates \
     curl \
+    ffmpeg \
     git \
     inkscape \
     libgl1 \
@@ -29,13 +36,17 @@ RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
     && rm wkhtmltox_0.12.6.1-3.bookworm_amd64.deb \
     && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
 
-COPY requirements-base.txt requirements-paper.txt requirements-paper-backup.txt ./
+COPY requirements-base.txt requirements-paper.txt requirements-paper-backup.txt requirements-cu12.txt ./
 
 RUN pip install --upgrade pip && \
-    (pip install -r requirements-paper.txt || pip install -r requirements-paper-backup.txt)
+    pip install -r requirements-paper.txt && \
+    if [ "$INSTALL_CUDA" = "1" ]; then pip install -r requirements-cu12.txt; fi
 
 COPY . .
 
+RUN pip install -e . && \
+    mkdir -p /app/outputs/system/tmp /app/models /app/logs /app/data /app/database /app/raw_data_store /app/rebuttal_sessions
+
 EXPOSE 8000
 
-CMD ["uvicorn", "fastapi_app.main:app", "--host", "0.0.0.0", "--port", "8000"]
+CMD ["python", "-m", "uvicorn", "fastapi_app.main:app", "--host", "0.0.0.0", "--port", "8000"]