LLM Systems Paper Agent

这是一套面向大模型系统论文工作流的 Obsidian Agent 工具集，覆盖论文搜索、PDF 入库、MinerU 转换、中文翻译、正式分析笔记和严格审稿。

当前推荐的主流程是：

paper-search -> paper-ingest -> paper-translate -> paper-analyze -> paper-review

主要 Skills

1. paper-search：在已有论文笔记、PDF 资产、MinerU Markdown 和每日推荐中查重。
2. paper-ingest：入库 PDF、MinerU Markdown、图片、assets.md 和 ingest_manifest.json。
3. paper-translate：将英文 MinerU Markdown 翻译成中文学术版 Markdown。
4. paper-analyze：基于 PDF 和 MinerU 证据生成正式分析笔记。
5. paper-review：生成面向系统/体系结构风格的严格审稿意见。
6. conf-papers / start-my-day：批量搜索、推荐和论文资产编排。

最新约定

paper-ingest

• 顶层 asset 目录、MinerU 子目录、主 Markdown stem 统一优先使用短命名：
  • paper_id / arxiv_id
  • 其次是显式稳定 ID
  • 最后才回退到压缩短 slug
• 不再允许长标题直接主导 asset 顶层目录名。
• MinerU 默认直接写入最终 asset_dir/mineru/<short-name>/auto/。
• 不再把 MinerU 完整输出先落到中介目录再整棵搬回。
• 图片归一化是 ingest 的标准步骤，正文引用图默认统一成 fig01、fig02 这类短名。
• ingest_manifest.json 现在会结构化记录：
  • pdf_download_status
  • pdf_validation
  • mineru_status
  • mineru_md
  • naming_source
  • mineru_recovery
  • mineru_failure_detail
  • image_normalization
  • proxy_mode

paper-translate

• 只消费已经完成图片归一化的英文 Markdown。
• 如果仍存在 hash 风格图片名，或者图片引用缺失，会直接失败而不是静默继续。
• API 请求默认不继承系统代理，显式使用 requests.Session(trust_env=False)。
• 翻译结果会写回：
  • translated_md
  • translation_status
  • translation_updated
  • translation_input_validation
  • translation_proxy_mode

paper-review

• 正式审稿材料固定为 MinerU 英文原文 Markdown 与同目录图片资产，不再以 PDF 作为默认审稿输入。
• paper-analyze 笔记可以作为辅助定位材料，但不能替代原文证据，也不会在 review 正文中作为来源出现。
• review 主体按系统 / 体系结构 / HPC 顶会标准生成中文意见，重点检查：
  • 同预算 baseline 公平性
  • 端到端系统代价
  • deployment realism
  • 外推边界
  • reproducibility
• 图片引用会在生成前校验；图片可达性、evidence anchors、presentation issues 和 rebuttal sensitivity 放在附录，而不是塞进主体结论。
• 当前 paper-review 已同步到：
  • C:/Users/peng/.codex/skills/paper-review
  • C:/Users/peng/.claude/skills/paper-review
  • C:/Users/peng/Documents/PHR/obsidian_phr/.claude/skills/paper-review
• 仓库还提供了 GitHub Copilot repo-level instructions：
  • .github/copilot-instructions.md
  • .github/instructions/paper-review.instructions.md

路径约定

• 仓库源码：C:/Users/peng/Documents/PHR/Intellistream/projects/llm-systems-paper-agent
• 默认 Obsidian vault：C:/Users/peng/Documents/PHR/obsidian_phr
• Codex skills：C:/Users/peng/.codex/skills
• Claude Code skills：C:/Users/peng/.claude/skills
• Vault 内 Codex skills：C:/Users/peng/Documents/PHR/obsidian_phr/.codex/skills
• Vault 内 Claudian skills：C:/Users/peng/Documents/PHR/obsidian_phr/.claude/skills

使用建议

• 批量找论文时，先用 conf-papers 或 paper-search 查重。
• 需要入库时，用 paper-ingest 保存 PDF、MinerU Markdown 和图片资产。
• 需要中文阅读材料时，用 paper-translate。
• 需要正式研究笔记时，用 paper-analyze。
• 需要严格审稿意见时，用 paper-review。

文档边界

README 用来说明整体工作流、skills 关系和当前推荐约定。

更细的规则以各 skill 为准，尤其是：

• paper-ingest/SKILL.md：PDF 下载、短命名、MinerU 状态、manifest 字段和图片归一化
• paper-translate/SKILL.md：翻译输入要求、图片校验、代理隔离和 manifest 写回
• paper-analyze/SKILL.md：教学式长段分析笔记、证据边界和结构化输出要求
• paper-review/SKILL.md：基于 MinerU Markdown 与图片资产的系统 / 体系结构 / HPC 严格中文审稿要求

Copilot 配置

仓库已经为整个项目配置 GitHub Copilot 的 repo-level instructions，而不只是 paper-review：

• 总入口：.github/copilot-instructions.md
• 各 skill 局部规则：.github/instructions/*.instructions.md

当前已覆盖：

• conf-papers
• extract-paper-images
• paper-analyze
• paper-ingest
• paper-review
• paper-search
• paper-translate
• start-my-day

这些规则的目标是把每个 skill 的职责边界、输入输出约定和质量要求配置进 Copilot，而不是把某一篇论文、某一份笔记或某一次测试产物固化成模板。