P5 저널 확정(GB) + Wu 2026 스쿱 반영을 main에 propagate - #11
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Conversation
오늘(2026-07-27) Genome Biology 27:242에 세 번째 velocity 벤치마크(Wu et al.)가
게재됨. 우리 타깃 저널이고 우리 데이터(GSE209878·GSE284047)를 Data 6으로 씀 →
전문 정독 후 스쿱 점검(스쿱 아님) + 인용 편입.
편입:
- [27] Wu Y 외 5인, Genome Biology 27:242 (2026). doi:10.1186/s13059-026-04182-z
- [28] Ancheta S 외, PLoS Comput Biol 22(6):e1014303 (2026)
— 유전자별 driver 순위 방법 의존, 우리 per-gene 비재현과 방향 일치(corroboration)
둘 다 CrossRef 실검증.
★ advisor 지적 반영(자기모순 차단): Background·Positioning의
"causal negative control 없음" 문장이 Wu의 'negative control robustness' task와
충돌해 보이는 문제 → 문장 안에서 구분("정적 세포 출력 타당성을 self-transition·
entropy로 잴 뿐 chromatin 입력 교란이 아니다"). "prior benchmarks에 없다"도
두 부재(행렬 method 간 비교·chromatin 인과 교란)로 정밀화.
데이터 겹침도 정직하게: Wu의 Data 6 = GSE209878+GSE284047(둘 다 우리 것),
거기서는 임베딩 수준으로만 채점 → "같은 데이터, 다른 질문" 명기.
재번호: scripts/p16_add_wu_plos.py(p15 로직, {{W1}}{{P1}} 토큰 삽입 후 첫 등장
순 재배정). 검증: 영/한 각각 본문 71종 == 목록 71편, 첫 등장 순 1..71, 1:1,
목록 텍스트 71/71 동일, Enrichr 68~70 생존, 초록 무인용, 토큰 잔여 0,
p13 인용결함 0, 재계산 게이트 diff 0, 금지어·화살표·em-dash 0.
추가 분석 불필요(차별점은 그들 설계의 공백이지 우리 데이터의 공백이 아님).
GraphVelo(ATAC)>MultiVelo는 향후 arm 후보(별도 티켓), 투고 블로커 아님.
분석 상세=paper_analysis/epigenomic-lag/wu-2026-velocity-benchmark/.
- 타깃 저널 = Genome Biology 확정(base-case CRM 폐기). draft_v2 이미 GB 포맷. 단 오늘 GB 27:242(Wu) 게재로 desk-reject 위험 상향 → Positioning "같은 데이터·다른 질문" 방어를 critic 최우선 렌즈로. - 주저자 = Ka-Kyung Kim 확정. 전체 순서·corresponding·박상준 Ack 처리는 회의 후 → 원고 <FILL> 유지(반쯤 안 채움). - critic 착수 승인(과학 내용 critic-ready, <FILL> 메타는 critic 대상 아님).
622da00에서 ai_scientist/를 kkkim-pipeline에서 제거(docs/ai-scientist-to-main 브랜치로 이관)했으나 README.md:38 디렉터리 표가 여전히 참조 → harness_doctor가 phantom-path로 검출(PR #11 CI FAIL). 실물은 두 브랜치(main·kkkim-pipeline) 어디에도 없어 표 행 제거. 로컬 doctor PASS(phantom_paths=0).
10 tasks
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kkkim-pipeline이 07-27 PR #10 이후 앞선 2커밋을 main에 반영해 정본 최신성 유지.
포함 커밋
왜 필요한가
안전성