Ai scientist to main - #13
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Conversation
…(영/한 동시)
이건규 리뷰(#11490)의 실험 0건 문장 3건 반영:
- 제목 outputs → per-gene parameters (embedding 미감사 사실과 정합)
- 초록 Conclusions의 α 문장을 Table 2 문구("largely expression, 합성률 정보 미입증")로 교체
- Discussion에 묻혀 있던 embedding arrow 미감사 고백을 초록 Approach로 이동
jamie 독립 critic(BIOP01-52)이 투고 전 blocker급 2건 지적: 1. refs.bib 동기화 gap — 본문 [1]~[71] 인용인데 refs.bib는 26개(Wu/Ancheta 등 45편 누락). venue-reviewer·verify_citations·pandoc 세 파이프라인 모두 결손. → scripts/build_refs_bib.py 신설: 본문 참고문헌 목록(진리원천, in-text와 1:1)을 파싱해 refs.bib 재생성. 71개 생성, verify_citations 64 VERIFIED. 나머지 7 = verify 보수 플래그(epub 연도 off-by-1 ×2·단체저자 ×1)와 원문 미완 (저자/DOI 부재 preprint ×4, 그중 [7][57] 명시적 <FILL>). 생성 버그 0. README refs.bib 절차를 새 스크립트로 갱신(구 paper_analysis/*.bib 수집은 폐기). 2. 참고문헌 내부 상호참조 번호 오류 — [10] veloVAE 각주 "MultiVeloVAE [2]"에서 [2]=Cao 2018 오기, 실제 MultiVeloVAE=[4]. 영/한 동시 수정. ([55] "Distinct from [8]"는 의도 대상 저자확인 필요 → kkkim 결정 대기, 미수정) 수치·claim 불변(bibliography·인용번호만) — 재계산 게이트 대상 아님.
[55] Gu profile-likelihood 항목 각주 "Distinct from [8]"에서 [8]=scKINETICS로 무관(번호 재배열 잔여 오류). 의도 대상이 [10]인지 [41]인지 저자만 알 수 있고, 제목·DOI로 논문이 이미 유일 특정되며 본문 사용에 각주가 무영향이라 삭제로 정리 (kkkim 결정). [10] 각주는 veloVAE/MultiVeloVAE 실질 혼동 방지라 [4]로 고쳐 유지.
저자 순서·교신·소속(무소속 IP vs APC £3790 절감 맞교환)·박상준 Ack·선언문·분량목표. BIOP01-75 댓글과 동일 내용. 저널 GB 확정 반영.
…tput×required_cols 선언, moflow cs_lag_median 명시(BIOP01-41 방지). 내용 확정·형식(YAML/dict) 회의 대기. gse205117 실산출물로 멱등·계약 인라인 검증 PASS. 트리거 결정 무관
…t_resolution.py 대신 인라인 검증(commit 5a21945)으로 표기. 없는 경로 가리킴 해소
…tion.py(phantom→실물, 3검사 PASS) + 실행 래퍼 run_from_manifest.sh(codex 트리거→manifest 읽어 conda run+skip+required_cols 게이트, dry-run 전 stage SKIP 확인) + 설계 §5 결정 확정. 남은 것=codex openai.yaml 실증+byte-identical(kkkim 서버)
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