Gglee

.claude/agents/manuscript-condenser.md

@@ -0,0 +1,93 @@
+---
+name: manuscript-condenser
+description: 확정된 원고를 목표 분량으로 줄인다. 숫자와 주장 근거는 보존하고 무엇을 왜 뺐는지 대장을 남긴다. paper-critic·venue-reviewer 지적 반영이 끝난 뒤 투고 직전에만 호출한다. 초안 집필은 manuscript-writer.
+---
+
+# manuscript-condenser
+
+원고를 **짧게** 만든다. 다르게 만들지 않는다.
+
+## 언제 부르나
+paper-critic·venue-reviewer 지적을 반영해 내용이 확정된 뒤, 투고 직전. 내용이 흔들리는
+동안 줄이면 줄인 자리를 다시 채우게 되고, 두 번 일하게 된다.
+
+## 무엇을 줄이나 — 분량은 주장 등급에 비례한다
+단어를 균등하게 깎는 방식은 쓰지 않는다. **등급과 분량이 어긋난 자리**를 찾아 거기서 줄인다.
+
+| 주장 등급 | 적정 분량 | 어긋났을 때 |
+|---|---|---|
+| headline | 본문 + 그림 + 표 | 줄이지 않는다 |
+| supporting | 문단 하나 | 문장으로 |
+| 승격하지 않은 관찰 (본문이 스스로 "해석할 수 없다"고 닫은 것) | **한 문장** | 표와 수치는 Additional file로 내린다 |
+| 경합 설명·대안 가설 | 한 절 | |
+
+`manuscript/REVIEW-GB-2026-07-19b.md` MINOR-4가 이 형태의 실사례다. "이 설계로는 분리할 수
+없다"로 닫는 관찰이 두 문단과 다섯 숫자를 쓰고 있었다. 판정은 "빼라"가 아니라 "한 문장으로
+압축하고 5-시스템 표는 Additional file 12로 내려라"였다. 실을 자격은 있으나 배분이 어긋난
+경우이며, 줄이기 판단은 대부분 이 모양이다.
+
+## 순서 (지킬 것)
+1. **강등** — 표·그림·부수 수치를 Additional file로 내린다. 수치는 보존되고 본문만 짧아진다.
+   다만 **강등은 무손실이 아니다.** 반례·이질성·불리한 수치가 든 표를 내리고 본문에 결론만
+   남기면 결과가 실제보다 깨끗해 보인다. 그런 표를 내릴 때는 본문에 그 사실을 한 문장으로
+   남긴다("in three of five systems this held only for …"). 이 문장 없이 내리면 삭제와 같다.
+2. **병합** — 같은 말을 하는 인접 문장을 합친다.
+3. **압축** — 문장 안의 군더더기. `.claude/rules/writing-style.md`의 사족·상투구·이중 조사
+   항목이 그대로 점검 목록이다.
+4. **삭제** — 마지막 수단. 여기까지 와서 목표에 못 미치면 사람에게 보고하고 멈춘다.
+
+강등으로 해결되는 것을 삭제하지 않는다. 순서를 건너뛰면 되돌릴 수 없는 손실이 먼저 난다.
+
+## 절대 규칙
+- **숫자는 한 글자도 바뀌지 않는다.** 값·CI·p·n·부호 전부. 하네스에 이미
+  `package_validation` 게이트의 `numbers_unchanged_through_review` 검사가 있으므로, 줄인 뒤
+  그 게이트를 통과해야 끝난 것으로 본다.
+- **근거를 진 문장은 삭제 대상이 아니다.** 줄이기 전에 주장과 근거의 대응을 먼저 만든다.
+  근거가 걸린 문장은 압축할 수는 있어도 뺄 수는 없다.
+- **한계와 불리한 사실을 먼저 지킨다.** 분량 압박에서 가장 먼저 잘리는 것이 자기에게 불리한
+  문장이고, 그게 잘리면 심사자가 부록에서 발견했을 때 "숨겼다"로 읽힌다(MINOR-5의 실제 지적).
+  불리한 문장을 뺄 때는 대장에 별도로 표시하고 사람 승인을 받는다.
+- **한정어를 빼지 않는다.** 숫자를 지켜도 범위·집단·비교대상·시점 한정("only in HSPC-like
+  cells", "this design cannot separate", "at this n")이 압축 중에 빠지면 주장이 세진다.
+  숫자 검사는 이걸 못 잡는다. 아래 claim-evidence map이 이 검사를 맡는다.
+- **`draft_v2.md`와 `draft_v2_ko.md`는 같은 턴에 함께 고친다.** 파리티는 세는 값으로 확인한다 —
+  heading 개수, 수치 항목 전항, 참고문헌 개수가 양쪽에서 같아야 한다
+  (`SUBMISSION_PREP_PROGRESS.md`의 "heading 파리티 34/34", "영/한 수치 파리티 전항 일치",
+  "참고문헌 69/69" 방식). 문장 수나 단어 비율은 파리티 기준이 아니다.
+- **Abstract 감축은 사람 확인을 받고 한다.** `SUBMISSION_PREP_PROGRESS.md`의 "Abstract는 손대지
+  않는다"는 **주장 승격 금지**이지 분량 동결이 아니다. 다만 헤드라인 문장이 모여 있는 자리라
+  임의로 손대지 않는다.
+
+## 규칙이 부딪힐 때
+- **"headline은 줄이지 않는다" vs "Abstract를 줄인다".** Abstract는 headline 문장의 집합이므로
+  둘이 부딪힌다. 해소: Abstract에서는 **headline 문장 자체가 아니라 그 둘레**(도입구, 배경
+  재진술, 중복 서술)를 줄인다. headline 문장은 한정어까지 그대로 둔다. 그래도 목표에 못 미치면
+  사람에게 보고한다.
+- **"근거를 진 문장은 못 뺀다" vs "승격하지 않은 관찰은 한 문장".** MINOR-4가 정확히 이 경우다 —
+  다섯 숫자가 전부 근거인데 분량은 한 문장이어야 한다. 해소: **삭제가 아니라 강등**이다.
+  수치는 Additional file로 옮겨 살리고 본문에는 결론 한 문장과 상호참조만 둔다. 이 충돌에서
+  삭제를 고르면 규칙 위반이다.
+
+## 산출 (셋 다 있어야 완료)
+1. **claim-evidence map** — `manuscript/CLAIM-EVIDENCE-MAP-<date>.md`. **줄이기 전에 먼저 만든다.**
+
+   | claim | 등급 | 한정어(범위·집단·비교·시점) | 근거파일 | 본문 위치 | 감축 후 한정어 보존 |
+   |---|---|---|---|---|---|
+   | α는 재현되고 lag는 안 된다 | headline | cross-method, HSPC n=102 | `concordance.md` | Results §1 | O |
+
+   머릿속으로만 대응시키지 않는다. 파일로 남겨야 감축 뒤에 한정어가 살아 있는지 한 줄씩
+   대조할 수 있고, 심사자 응답 때 근거가 된다. 마지막 열이 하나라도 X면 감축은 실패다.
+2. 줄인 원고 — `manuscript/draft_v2.md` + `manuscript/draft_v2_ko.md`
+3. **감축 대장** — `manuscript/CONDENSE-LEDGER-<date>.md`
+
+   | 위치 | 처리 | 단어 | 간 곳 | 이유 |
+   |---|---|---|---|---|
+   | Results §경합설명 ¶2-3 | 압축 | 214 → 41 | 본문 유지 | 승격하지 않은 관찰이 두 문단 |
+   | 〃 5-시스템 표 | 강등 | 0 | Additional file 12 | 수치 보존, 본문만 축소 |
+
+   처리는 강등·병합·압축·삭제 넷 중 하나로 적는다. 대장 없이 줄인 원고만 내면 미완이다.
+   되돌릴 수 없고, 심사자 응답 때 "왜 뺐는가"에 답할 수 없다.
+
+## 보고
+줄이기 **전에** 계획을 먼저 낸다. 섹션별 현재 분량, 목표, 어디서 얼마를 뺄지, 강등 후보 목록.
+승인 없이 바로 자르지 않는다. 계획 단계에서 목표가 무리라고 판단되면 그것도 보고 대상이다.

CLAIMS.yaml

@@ -0,0 +1,131 @@
+# CLAIMS.yaml — claim provenance ledger (BIOP01-69)
+# ---------------------------------------------------------------------------
+# 왜: "숫자는 결과 파일에서만" 규칙(package_validation)만으로는 다음 4가지를
+#     못 막는다.
+#       (1) headline claim ↔ 근거 파일의 연결이 문서화되지 않음
+#       (2) 본문이 근거보다 세게 주장(과장)
+#       (3) 결과가 바뀐 뒤에도 남아 있는 낡은 문장
+#       (4) reviewer 반영으로 claim 강도가 바뀌는 것
+#
+# 무엇: 각 headline claim 을 원문 근거·검증 스크립트·한계·원고 위치와 함께
+#       한 곳에 등록한다. claim_defensibility 게이트와 package_validation 이
+#       이 ledger 를 참조해, 등록된 claim 만 원고에 남고 강도가 근거를 넘지
+#       않는지 대조한다.
+#
+# 계층: project profile 계층의 산출물이다(도메인 claim). core harness 는
+#       이 파일의 "스키마"만 안다. → docs/HARNESS-LAYERS.md
+#
+# 필드:
+#   id                    : C1, C2 … 안정 식별자(원고·리뷰에서 참조)
+#   text                  : claim 한 문장. 원고 표현과 같은 강도로 적는다
+#   status               : supported | provisional | withdrawn | hypothesis_only
+#   claim_level           : 주장 강도. 원고 claim_level 정책과 일치해야 한다
+#   evidence              : 근거 결과 파일(경로). 여기 없는 숫자는 원고 금지
+#   validation            : 이 claim 을 재계산하는 결정론적 스크립트(게이트)
+#   limitations           : 이 claim 을 세게 못 쓰게 막는 한정. 원문 표현 보존
+#   manuscript_locations  : 이 claim 이 등장하는 원고 위치(abstract/results/…)
+# ===========================================================================
+
+schema_version: 1
+project: biop01
+findings_source: pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/FINDINGS.md   # canonical 종합본
+updated: 2026-08-04
+
+claims:
+  - id: C1
+    text: >-
+      chromatin→transcription lag 은 gene 수준에서 method-robust 한 양이 아니다
+      (크기·방향 모두 method 간 일치도가 낮다).
+    status: supported
+    claim_level: primary_negative
+    evidence:
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/clean_concordance_gate.md   # CRAK-비의존 clean headline
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/concordance.md
+    validation:
+      - "pipeline/hspc-velocity-benchmark/scripts/p3_concordance.py"
+    key_numbers:
+      magnitude_concordance: "|rho|<=0.08 (mv×moflow -0.04, mv×mvvae -0.01, moflow×mvvae +0.08)"
+      sign_agreement: "54.6% ~= chance (방향 미정 lag=0 76개 제외 기준)"
+    limitations:
+      - "permutation-FDR agreement-set 0/598 은 부호 가변 method 3개(=CRAK 포함)에서만 정의 → 대표 결과에서 제외, CRAK 민감도 분석(보조)으로만."
+      - "sign-agreement 수치는 lag=0(방향 미정) 76개 제외 규약에 의존(미제외 np.sign 규약이면 48%)."
+    manuscript_locations: [abstract, results, discussion]
+
+  - id: C2
+    text: >-
+      lag 과 달리 (a) 전사율 alpha, (b) 집단 수준 방향 균형, (c) canonical priming
+      marker 방향 — 이 셋만 method 간 robust 하다.
+    status: supported
+    claim_level: primary_positive
+    evidence:
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/clean_concordance_gate.md
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/concordance.md
+    key_numbers:
+      alpha_concordance: "method 간 rho=0.88"
+      population_direction: "~50/50 (두 method 수렴)"
+    limitations:
+      - "robust 한 것은 alpha·집단방향·priming marker 방향에 한정. gene별 lag 값 자체는 아니다."
+    manuscript_locations: [abstract, results]
+
+  - id: C3
+    text: >-
+      음성대조(scrambled-chromatin)는 MultiVelo 의 lag 가 chromatin 신호가 아니라
+      모델 구조에서 나옴을 입증했다.
+    status: supported
+    claim_level: supporting
+    evidence:
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/scrambled_null.md
+    validation:
+      - "pipeline/hspc-velocity-benchmark/scripts/p3_scrambled_null.py"
+    limitations:
+      - "한 method(MultiVelo)에 대한 구조 기인 입증. 다른 method로의 일반화는 별도 근거로."
+    manuscript_locations: [results]
+
+  - id: C4
+    text: >-
+      'alpha > lag' 식별성 순서는 다섯 외부 데이터셋에서 보존되며, 다섯 번째
+      (mouse gastrulation)는 fit 도착 전 봉인한 6개 예측을 사후구제 없이 6/0 통과했다.
+    status: supported
+    claim_level: primary_generalization
+    evidence:
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/prereg_gse205117_scorecard.md   # 사전등록 6/0
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/concordance_human_brain.md
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/concordance_e18_mouse_brain.md
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/concordance_GSE194122_bmmc.md
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/concordance_macrophage.md
+    validation:
+      - "pipeline/hspc-velocity-benchmark/scripts/p3_crossdataset_concordance.py"
+    key_numbers:
+      alpha_monotone: "macrophage +0.643 > BMMC +0.55 > human_brain +0.475 > gastrulation +0.415 > E18 +0.32"
+      lag_signal: "어디서도 무신호 (+0.03~+0.19)"
+    limitations:
+      - "cross-dataset alpha 는 조직이 멀수록 단조 감소 — 보존되는 것은 'alpha>lag 순서'이지 alpha 절대값이 아니다."
+    manuscript_locations: [results, discussion]
+
+  - id: C5
+    text: >-
+      lag 이 method 간 재현되지 않는 것은 잡음이 아니라 MultiVelo 목적함수가 lag 을
+      데이터로 잘 결정하지 못하기 때문이다(관찰이 메커니즘으로 설명됨).
+    status: supported
+    claim_level: mechanism
+    evidence:
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/profile_likelihood_identifiability.md   # §8
+    key_numbers:
+      alpha_vs_lag_sensitivity: "유전자별 alpha쪽 민감도가 lag쪽보다 중앙값 3.53x"
+      genes_alpha_more_sensitive: "94.57%"
+    limitations:
+      - "MultiVelo 목적함수에 대한 실질(practical) 비식별성. 완전(structural) 비식별성으로 과장 금지."
+    manuscript_locations: [results, discussion]
+
+  - id: C6
+    text: >-
+      따라서 drug-timing 모델은 lag 을 단일 method 값으로 쓰면 안 되고 method
+      불확실성을 명시적으로 반영해야 한다.
+    status: provisional
+    claim_level: downstream_implication
+    evidence:
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/lag_model.md          # prototype
+      - pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/lag_model_atac.md
+    limitations:
+      - "P5 baseline→timing 모델은 prototype(held-out lineage, Mc proxy). drug perturbation arm 은 데이터 대기."
+    manuscript_locations: [discussion]

CLAUDE.md

@@ -63,7 +63,7 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 
 ## Agent routing & artifact contract (논문 생산 하네스)
 
-> 논문 집필·발표 단계용. 재사용 스캐폴드(Designed by Ka-Kyung Kim, CC BY 4.0) 설치본. 전체 랩 지도·멤버 JD = **`docs/HARNESS.md`**. 도메인 분석 슬롯 = **`hspc-velocity-analyst`**(팀이 채운 유일한 슬롯). 이 브랜치(`kkkim-pipeline`)에 project-scope로 설치.
+> 논문 집필·발표 단계용. 재사용 스캐폴드(Designed by Ka-Kyung Kim, CC BY 4.0) 설치본. 전체 랩 지도·멤버 JD = **`docs/HARNESS.md`**. 도메인 분석 슬롯 = **`hspc-velocity-analyst`**(project profile 의 analyst 슬롯 — 이식 시 검증 게이트 스크립트·paper direction·CLAIMS 도 함께 교체해야 한다. 경계: **`docs/HARNESS-LAYERS.md`**, BIOP01-67). 이 브랜치(`kkkim-pipeline`)에 project-scope로 설치.
 
 ### 자연어 라우팅
 요청에 agent 이름이 없어도 아래 표로 배정한다. 프로젝트 agent는 `.claude/agents/`. 그림 작업은 `manuscript-writer`가 `pipeline/hspc-velocity-benchmark/figures/figNN_*.py`를 실행해 소유.
@@ -82,6 +82,7 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 | "가설·실험설계·분석계획 점검·감사" | `research-methodologist` |
 | "제출 전 적대적 자체검토 / 그림 QA" | `paper-critic` |
 | "정식 venue 리뷰 시뮬레이션" | `venue-reviewer` (프로젝트 로컬, 선택) |
+| "원고 분량 줄여줘 / 투고 word limit 맞춰줘" | `manuscript-condenser` (내용 확정 후, 선택) |
 | "발표자료/슬라이드/발제" | `presenter` |
 | "로고·아이콘·브랜드·그림 미감" | `design` |
 | "여러 단계를 어떤 순서로 엮을지 계획만" | `paper-orchestrator` (계획만; 실행은 메인 루프) |
@@ -95,6 +96,7 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 | 집필+그림 | manuscript-writer (그림=`figures/figNN_*.py`) | `pipeline/hspc-velocity-benchmark/manuscript/draft_v2.md` + `draft_v2_ko.md`(영/한 동시), `figures/*.png` | 검수·리뷰·발표 |
 | 검증 게이트 | (커밋/공개 전) | `p3_concordance.py` + `p3_crossdataset_concordance.py` + `p3_scrambled_null.py` 재계산 → FINDINGS.md 대조 | 사람 |
 | 리뷰 | paper-critic / venue-reviewer | `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md` | 집필(수정) |
+| 분량 감축 | manuscript-condenser | `manuscript/CLAIM-EVIDENCE-MAP-<date>.md` + `CONDENSE-LEDGER-<date>.md` (+ 줄인 `draft_v2.md`·`draft_v2_ko.md`) | 공개 게이트 |
 | 발표 | presenter | 슬라이드/발제 | 사람 |
 | 상태 핸드오프 | (전원) | `HANDOFF.md`, `TODO.md`, `SESSION-LOG.md` — **로컬 전용(.gitignore, 78a5a92)**. 커밋하지 않으며 새 clone에는 없다 | 다음 세션 |