biospin · kakyungkim · Jul 27, 2026 · Jul 26, 2026 · Jul 26, 2026 · Jul 26, 2026
diff --git a/.claude/agents/venue-reviewer.md b/.claude/agents/venue-reviewer.md
@@ -0,0 +1,19 @@
+---
+name: venue-reviewer
+description: 외부 venue-style 시뮬레이션 리뷰(referee). paper-critic(내부 적대검수) + 결과 검증 게이트 통과 후에만 호출한다. 원고 패키지만 읽고 내부 논의·분석 과정·critic 노트는 보지 않는다(격리).
+---
+
+# venue-reviewer (simulated referee)
+
+target venue의 referee처럼 **최종 원고 패키지만** 심사한다.
+
+## 격리 (필수)
+- 입력은 `manuscript/draft_v2.md`(+`_ko`), 그림, `refs.bib`, `SUPPLEMENTARY.md` **뿐**. 분석 과정·내부 논의·critic 노트 접근 금지.
+- 리뷰 상단에 **사용 모델·입력 범위**를 기록한다. 같은 모델 계열이면 "simulated review (외부 referee 아님)"임을 명시.
+- 진짜 리뷰 다양성이 필요하면 **다른 모델 계열**로 실행한다.
+
+## 산출
+`manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md` — major/minor 이슈, 재현성·통계·novelty·형식·venue-fit.
+
+## 주의
+프로젝트 로컬 후보다(BIOP01-64). **전역(`~/.claude/agents/`) 설치 금지** — 숨은 환경 의존성 방지. 미설치 시 "정식 venue 리뷰" 요청은 건너뛰고 안내한다.
diff --git a/.claude/skills/paper-production-orchestrator/SKILL.md b/.claude/skills/paper-production-orchestrator/SKILL.md
@@ -1,6 +1,6 @@
 ---
 name: paper-production-orchestrator
-description: 논문 생산 루프의 입구(진행표/팀장). "논문 풀 파이프라인 돌려줘", "프리프린트 업데이트해서 제출 준비", "분석→집필→그림→검수까지 한 번에", "그림만 다시", "리뷰만 다시", "critic 지적 반영해", "최신 결과로 본문 갱신" 같이 분석·집필·그림·검수·검증·발표를 엮는 요청에서 사용한다. 기존 멤버(hspc-velocity-analyst, manuscript-writer, 그림 스크립트, paper-critic, reviewer, presenter)를 정해진 순서로 호출하고 부분 재실행을 처리한다. 새 agent는 만들지 않는다.
+description: 논문 생산 루프의 입구(진행표/팀장). "논문 풀 파이프라인 돌려줘", "프리프린트 업데이트해서 제출 준비", "분석→집필→그림→검수까지 한 번에", "그림만 다시", "리뷰만 다시", "critic 지적 반영해", "최신 결과로 본문 갱신" 같이 분석·집필·그림·검수·검증·발표를 엮는 요청에서 사용한다. 기존 멤버(hspc-velocity-analyst, manuscript-writer, 그림 스크립트, paper-critic, venue-reviewer, presenter)를 정해진 순서로 호출하고 부분 재실행을 처리한다. 새 agent는 만들지 않는다.
 ---
 
 # paper-production-orchestrator (논문 생산 루프 진행표 / 팀장) — HSPC velocity-lag benchmark
@@ -25,7 +25,7 @@ description: 논문 생산 루프의 입구(진행표/팀장). "논문 풀 파
 3. `hspc-velocity-analyst`가 LLM 기반 sub-분석을 쓰는 경우, **offline mock 경로**(API 키 미설정 등)로 돌았는지 확인한다. mock이면 "실 결과 아님 / 데모"를 보고에 명시한다.
 
 ## 멤버 구성 (전원 기존 재사용)
-`hspc-velocity-analyst`(도메인 분석 슬롯), manuscript-writer(그림 포함 — `figures/figNN_*.py` 스크립트 실행), paper-critic, reviewer, presenter. (기획 단계 선택: research-methodologist, literature-scout, novelty-strategist.)
+`hspc-velocity-analyst`(도메인 분석 슬롯), manuscript-writer(그림 포함 — `figures/figNN_*.py` 스크립트 실행), paper-critic, venue-reviewer, presenter. (기획 단계 선택: research-methodologist, literature-scout, novelty-strategist.)
 
 > 참고: 그림 생성은 **agent가 아니라 스크립트**로 둔다. `manuscript-writer`가 `pipeline/hspc-velocity-benchmark/figures/figNN_*.py`(예: `fig01_p2_concordance.py`)를 실행해 결과 파일에서 그림을 만든다. 단순 재생성이면 메인 루프가 직접 그 스크립트를 돌려도 된다(결정론적).
 
@@ -48,8 +48,9 @@ description: 논문 생산 루프의 입구(진행표/팀장). "논문 풀 파
 4. **집필 + 그림** — `manuscript-writer` → `manuscript/draft_v2.md` + `draft_v2_ko.md`(영/한 동시). 그림은 `figures/figNN_*.py` 실행 → `figures/`. 그림만 재실행이면 이 단계만(결정론적, 결과 파일에서 생성).
 5. **검수** — `paper-critic`(적대적 + 그림 시각 QA) → 지적 노트. 블로킹이면 6으로, 경미하면 메모만.
 6. **수정** — `manuscript-writer`가 critic 지적 반영 → 본문 갱신.
-7. **(선택) 정식 리뷰** — 요청 시 `reviewer` → `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md`.
-8. **검증 게이트** — 아래 verify-gate 실행. **실패하면 멈추고 사람에게 보고**, 커밋·발행하지 않는다.
+7. **검증 게이트 ①(결과 검증)** — 아래 verify-gate 실행. **실패하면 멈추고 사람에게 보고**, 커밋·발행하지 않는다. 원본 하네스 규칙: *"paper-critic + gate FIRST, then reviewer — reviewer assumes pre-submission QA is done"*(`paper-production-harness/agents/paper-orchestrator.md:23`). 숫자가 검증되지 않은 원고를 리뷰에 보내지 않는다. (BIOP01-72)
+8. **(선택) 정식 리뷰** — 요청 시 `venue-reviewer` → `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md`. **7을 통과한 원고만** 입력한다.
+8.5 **검증 게이트 ②(패키지 검증, 공개 직전)** — 원고 본문 숫자 ↔ 결과 파일 재대조 + 그림·표·supplementary 동봉 확인. 리뷰 반영으로 본문이 바뀌었을 수 있으므로 **공개 전 한 번 더** 돌린다.
 9. **(선택) 발표** — 요청 시 `presenter` → 덱·발제.
 
 각 단계 산출물은 **파일로 남긴다**. 다음 단계는 그 파일을 읽는다.
@@ -70,9 +71,9 @@ conda run --no-capture-output -n scv-preprocess python p3_scrambled_null.py
 | 집필 | manuscript-writer | `manuscript/draft_v2.md` + `draft_v2_ko.md`, `refs.bib`, `SUPPLEMENTARY.md` | 검수·리뷰·발표 |
 | 그림 | manuscript-writer (`figures/figNN_*.py`) | `figures/*.png` | 집필·검수 |
 | 검수 | paper-critic | 적대 노트 + 그림 QA | 집필(수정) |
-| 리뷰 | reviewer | `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md` | 집필(수정) |
+| 리뷰 | venue-reviewer | `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md` | 집필(수정) |
 | 발표 | presenter | 슬라이드/발제 | 사람 |
-| 상태 핸드오프 | (전원) | `HANDOFF.md`, `TODO.md`, `SESSION-LOG.md` | 다음 세션 |
+| 상태 핸드오프 | (전원) | `HANDOFF.md`, `TODO.md`, `SESSION-LOG.md` — **로컬 전용(.gitignore)**. 없으면 새로 만든다 | 다음 세션 |
 
 ## 실패 처리 / 멈춤 조건
 - verify 게이트 실패 → **멈춤**, 무엇이 왜 실패했는지 보고.

diff --git a/.github/workflows/harness-doctor.yml b/.github/workflows/harness-doctor.yml
@@ -0,0 +1,30 @@
+# 하네스 구성 정합성 게이트 (BIOP01-66).
+#
+# 2단계 승격 완료 (2026-07-26).
+#   1단계 — doctor는 report-only 였다. 팬텀 14건이 남아 전면 blocking이면 모든 PR이 빨간불이었다.
+#   2단계(현재) — BIOP01-64(팬텀 에이전트 0) + BIOP01-71(skills/ 복원)로 팬텀 0 달성 →
+#     구성 검사도 blocking. 문서가 실재하지 않는 역할·경로를 가리키면 PR이 막힌다.
+name: harness-doctor
+on:
+  pull_request:
+    branches: [ main, kkkim-pipeline, gglee ]
+  push:
+    branches: [ gglee ]
+jobs:
+  doctor:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v4
+      - uses: actions/setup-python@v5
+        with:
+          python-version: "3.11"
+      - run: pip install pyyaml
+
+      # 게이트 자체의 검증 — 여기는 처음부터 blocking.
+      # 게이트가 틀리면 잘못된 PASS(놓침)·잘못된 FAIL(오검)이 그대로 팀 판단이 된다.
+      - name: 게이트 자체 테스트 (harness_doctor 단위·회귀)
+        run: python harness_after/tests/test_harness_doctor.py
+
+      # 하네스 구성 검사 — 1단계에서는 report-only.
+      - name: 하네스 구성 정합성 검사 (팬텀 역할·경로 drift)
+        run: python scripts/harness_doctor.py --repo . --manifest harness.yaml
diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md
@@ -29,7 +29,7 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 - `BASELINE-ALIGNMENT.md` — Harness_Baseline 정합 기록.
 
 ## 작업 기록
-- **`SESSION-LOG.md`**: 분석 단계에서 한 일을 세션별로 누적 기록.
+- **`SESSION-LOG.md`**: 분석 단계에서 한 일을 세션별로 누적 기록. *(아래 3개는 모두 **로컬 전용** — `.gitignore` 등재, 리포에 커밋하지 않는 개인 작업기록)*
 - **`HANDOFF.md`**: 현재 상태 + 한 일/할 일. **`TODO.md`**: 할 일 체크리스트.
 
 ## Branch 모델 (중요)
@@ -60,7 +60,7 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 ### 자연어 라우팅
 요청에 agent 이름이 없어도 아래 표로 배정한다. 프로젝트 agent는 `.claude/agents/`. 그림 작업은 `manuscript-writer`가 `pipeline/hspc-velocity-benchmark/figures/figNN_*.py`를 실행해 소유.
 
-**논문 하네스 단일 컨텍스트 = `pipeline/hspc-velocity-benchmark/manuscript/PAPER_DIRECTION.md`.** 모든 논문 멤버(novelty·literature·methodologist·writer·critic·reviewer)는 작업 전 이 문서를 읽는다 — 현재 thesis·claim 등급표·loop 규율(**claim-defensibility 게이트**: headline claim은 반증기준+make-or-break 검정+advisor 통과 전 PROVISIONAL, 본문 미반영)·사전등록·진행상태가 여기 있다. 매번 재브리핑 불필요.
+**논문 하네스 단일 컨텍스트 = `pipeline/hspc-velocity-benchmark/manuscript/PAPER_DIRECTION.md`.** 모든 논문 멤버(novelty·literature·methodologist·writer·critic·venue-reviewer)는 작업 전 이 문서를 읽는다 — 현재 thesis·claim 등급표·loop 규율(**claim-defensibility 게이트**: headline claim은 반증기준+make-or-break 검정+advisor 통과 전 PROVISIONAL, 본문 미반영)·사전등록·진행상태가 여기 있다. 매번 재브리핑 불필요.
 
 **여러 단계를 엮는 요청 → 단일 agent가 아니라 오케스트레이터 Skill.** "풀 파이프라인 / 프리프린트 업데이트해 제출 준비 / 분석→집필→그림→검수까지 / 그림만 다시 / 리뷰만 다시 / critic 지적 반영"은 **`paper-production-orchestrator`** Skill(`.claude/skills/paper-production-orchestrator/SKILL.md`)로 — 메인 루프가 실행하며 §0에서 PAPER_DIRECTION 로드 후 아래 멤버를 순서대로 호출하고 claim-defensibility 게이트·부분 재실행·검증 게이트를 처리한다. 단일 단계 요청은 아래 agent로 직접 라우팅:
 
@@ -73,7 +73,7 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 | "차별화 각도 / 뭘 새로 해야 하나" | `novelty-strategist` |
 | "가설·실험설계·분석계획 점검·감사" | `research-methodologist` |
 | "제출 전 적대적 자체검토 / 그림 QA" | `paper-critic` |
-| "정식 venue 리뷰 시뮬레이션" | `reviewer` (전역, 선택) |
+| "정식 venue 리뷰 시뮬레이션" | `venue-reviewer` (프로젝트 로컬, 선택) |
 | "발표자료/슬라이드/발제" | `presenter` |
 | "로고·아이콘·브랜드·그림 미감" | `design` |
 | "여러 단계를 어떤 순서로 엮을지 계획만" | `paper-orchestrator` (계획만; 실행은 메인 루프) |
@@ -86,9 +86,9 @@ SKILL(지침)을 실제로 돌리는 코드:
 | 분석·eval | `hspc-velocity-analyst` | `pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/FINDINGS.md` + `results/*.csv` + `results/*.md` | 집필·검수 |
 | 집필+그림 | manuscript-writer (그림=`figures/figNN_*.py`) | `pipeline/hspc-velocity-benchmark/manuscript/draft_v2.md` + `draft_v2_ko.md`(영/한 동시), `figures/*.png` | 검수·리뷰·발표 |
 | 검증 게이트 | (커밋/공개 전) | `p3_concordance.py` + `p3_crossdataset_concordance.py` + `p3_scrambled_null.py` 재계산 → FINDINGS.md 대조 | 사람 |
-| 리뷰 | paper-critic / reviewer | `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md` | 집필(수정) |
+| 리뷰 | paper-critic / venue-reviewer | `manuscript/REVIEW-<venue>-<date>.md` | 집필(수정) |
 | 발표 | presenter | 슬라이드/발제 | 사람 |
-| 상태 핸드오프 | (전원) | `HANDOFF.md`, `TODO.md`, `SESSION-LOG.md` | 다음 세션 |
+| 상태 핸드오프 | (전원) | `HANDOFF.md`, `TODO.md`, `SESSION-LOG.md` — **로컬 전용(.gitignore, 78a5a92)**. 커밋하지 않으며 새 clone에는 없다 | 다음 세션 |
 
 **사람 승인 게이트:** 공개(프리프린트/blog)는 **저자·소속·IP·corresponding email 확정** 전까지 보류(manuscript-writer의 `<FILL>`). **커밋·push는 작업 완료 시 에이전트가 자동 수행**(2026-07-09 정책 변경 — 기존 '무인 git 금지' 철회, push까지 자동). 단 위 검증 게이트(커밋 전 재계산·FINDINGS 대조)는 유지하고, **프리프린트/blog 외부 공개와 main 병합만 사람 승인**(작업 브랜치 `kkkim-pipeline` push는 자동). 커밋 메시지는 P0~P5 접두 규칙 준수, Claude attribution 금지.