BIOP02-100 docs: README 재작성 — 정본(main) 기준 리포·브랜치 지도 + 하네스 게이트 반영 - #8
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기존 README는 2026-06-14(6792aa4)에서 멈춰 있었다. 그동안 바뀐 것이 README에 하나도 반영되지 않아, 리포의 첫 화면이 실제 상태와 어긋나 있었다. 정정한 것 - 제목이 "BioProject01 — kkkim-pipeline"이었다. 이 파일은 이제 main에 있다. - 하네스 정합성 게이트(harness.yaml + harness_doctor.py + 테스트 18종 + PR CI)가 통째로 빠져 있었다. PR #5→#7로 main에 들어간 것이 README에 없다. - "이 하네스는 OpenClaw로 실행한다"고 단언했다. 2026-07-27 실측 결과 팀 컨테이너 6개 중 openclaw CLI 설치는 0개다. 도입 미결 + 현재 실행수단(Claude Code/codex)으로 정정. - HANDOFF/TODO/SESSION-LOG를 "작업 기록"으로만 적어 새 clone에도 있는 것처럼 읽혔다. .gitignore 로컬 전용임을 명시. - 누락돼 있던 디렉터리 반영: .claude/, harness.yaml, scripts/, harness_after/, evals/, docs/, guide/, onboarding_gglee/, ai_scientist/, artifacts/, manuscript(심볼릭 링크). - paper_analysis 편수: dual-lens 14편 + 스쿱 점검 1편(todorovski)으로 구분. _index/papers.csv의 14는 dual-lens 기준이라 정합하다. 추가한 것 - 브랜치 지도 12개. main과의 차이는 git rev-list 실측(진행/archive/병합완료/미병합). - 연구 결론 한 문단. 단 수치는 싣지 않고 FINDINGS.md를 정본으로 가리킨다 (CLAUDE.md 방법론 주의 6 — 요약본의 숫자를 임계로 쓰지 않는다). - 담당표의 정본이 Confluence와 JIRA임을 명시. 개인별 배정 내역은 리포에 적지 않는다. 검증 - python scripts/harness_doctor.py --repo . --manifest harness.yaml → PASS, phantom_paths=0 - python harness_after/tests/test_harness_doctor.py → 18/18 OK - 작성 중 게이트가 이 README의 팬텀 경로 6건을 실제로 잡았다(브랜치 이름 3, 확장자 3). 게이트가 슬래시 든 백틱 토큰을 경로로 읽는 한계는 본문에 명시.
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왜
README가 2026-06-14(
6792aa4)에서 멈춰 있었다. 그 뒤 6주간 바뀐 것 — 하네스 정합성 게이트,skills/41파일 복원, PR #5→#7 머지 — 이 하나도 반영되지 않았다. 리포의 첫 화면이 실제 상태와 어긋나면, 새로 들어오는 사람은 틀린 지도를 믿고 출발한다. 이번에 고친 팬텀 결함과 같은 종류의 문제다.브랜치 12개 · Jira · Confluence · 리포 문서를 대조해 다시 썼다.
무엇을 고쳤나
kkkim-pipeline"harness.yaml+scripts/harness_doctor.py+ 테스트 18종 + PR CI 가 main에 들어와 있다.gitignore로컬 전용 — 새 clone 에 없다paper_analysis"14편" (근거 불명)_index/papers.csv의 14는 dual-lens 기준이라 정합.claude/harness.yamlscripts/harness_after/evals/docs/guide/onboarding_gglee/ai_scientist/artifacts/manuscript(심볼릭 링크) 추가추가한 것
git rev-list --count로 실측. 진행 중 / archive / 병합 완료(삭제 가능) / 미병합 을 구분.FINDINGS.md를 정본으로 가리킨다. (CLAUDE.md 방법론 주의 6: 요약본의 숫자를 임계로 쓰지 않는다.BIOP02_LINK.md가 스스로 경고하는 것과 같은 이유 — 요약본은 가장 먼저 낡는다.)검증
작성 중 게이트가 이 README 의 팬텀 경로 6건을 실제로 잡았다 — 브랜치 이름 3건(
feat/...), 확장자 3건(.h5ad등). 문서를 쓰는 사람이 자기 문서로 게이트에 걸린 첫 사례다.이 PR에서 안 고친 것 — 담당자 확인 요청
Project-Info.md의 팀 표가 Confluence·JIRA 정본과 어긋나 있다. 정본은 갱신돼 있고 리포만 뒤처져 있다. 미병합 브랜치team-table-update-20260709(60dafb9)에 같은 취지의 수정이 있으나, 당시 README 구조가 지금과 달라 그대로는 적용되지 않는다. 소유자(@braveji)가 처리하는 게 맞다고 보고 손대지 않았다. README 는 정본 위치만 가리키도록 고쳤다.epigenomics,braveji/team-owner-mousebrain,fix/BIOP01-22-braveji-env-repro는 main 에 완전히 병합됐다(ahead=0). 삭제 여부는 소유자 판단.base 브랜치
팀 흐름(gglee → kkkim-pipeline → main)을 따라 kkkim-pipeline 을 base 로 잡았다. main 에 바로 넣는 편이 낫다면 retarget 하겠다.