BIOP02-140 v1: 폐 공변량 기준선 + KRAS/EGFR 증분가치 — kras_g12c 🔴 강등 권고

[JamieLyu]

BIOP02-140 v1 — 폐 공변량 기준선 · 증분가치 (KRAS/EGFR/histology)

claim_level: hypothesis_only · critic_status: pending

v1 범위

티켓 본문의 완화 옵션대로 폐(LUNG_NSCLC) 한 암종, KRAS·EGFR·histology_lusc 세 엔드포인트만.
대장·위·두경부는 후속 카드로 분리 제안(#6 BIOP02-139가 HPV 등을 스킵한 것과 같은 판단).

방법

• 결과를 보기 전에 공변량(purity=ABSOLUTE/Aran 2015, stage=cBioPortal AJCC, 해부학적 부위=ICD_O_3_SITE, cohort=LUAD/LUSC)과 판정 규칙을 먼저
  COVARIATE_BASELINE_PREREGISTRATION.md로 커밋(사전등록).
• grade는 실측 커버리지 0/1050 확인 후 제외 — TCGA 폐 임상데이터셋 자체에 없음(체리피킹 아님, fetch_covariates_lung.py 로그가 근거).
• 실행 중 H&E 예측값(mil_cost_results.json)이 holdout에만 존재함을 발견 — 이 시점까지 수치 미계산 상태였음 — 방법을 holdout 5-fold in-holdout CV로
  정정(문서에 정정 내역 명시, 검정력 손실 없음).
• run_mil_cost.py의 bootstrap_auc() 재사용(n=1000, seed=42), 재학습 없음, CPU only.

결과

엔드포인트	n_pos	H&E-only	공변량-only	결합	ΔAUROC (95% CI)	판정
histology_lusc (양성대조)	153	0.939	0.586	0.931	+0.345 (0.278–0.415)	🟢 유지
kras_g12c	14	0.681	0.802	0.801	−0.0004 (−0.009–0.007)	🔴 공변량-only가 H&E 이상, 증분 거의 0
egfr_activating	15	0.852	0.816	0.881	+0.065 (0.006–0.127)	판정 불가 (n_pos<25)

티켓 인용 수치 검증: "조직형만으로 예측하면 0.793" → cohort 단일공변량 재계산 시 0.7795(5-fold OOF), 방향·결론 일치.

핵심 발견

KRAS는 티켓의 우려보다 더 나쁩니다 — purity·stage·site·cohort를 다 합친 공변량-only 모델(0.802)이 H&E(0.681)를 확실히 앞서고, H&E를 얹어도 증분이 없습니다.
결정지도에서 kras_g12c를 🔴로 명시(H&E가 아니라 공변량/조직형이 예측)하는 걸 제안합니다. egfr_activating은 같은 방향이지만 n_pos=15로 확증 부족이라 판정
보류로 남겼습니다. 순도 층화는 참고용(층당 n_pos 5~10)으로 포함, 판정에는 안 씀.

DoD

• 공변량 기준선 모델 정의·문서화 (결과 보기 전)
• 엔드포인트별 기준선/H&E/결합 AUROC 표
• ΔAUROC + CI (bootstrap)
• 순도 층화 결과
• 결정지도에서 강등할 칸 목록
• 독립 리뷰: 지용기(braveji) — 요청함 (Jira comment 11987)

결정지도(CROSS_CANCER_DECISION_MAP.md) 반영은 리뷰 통과 후 별도로 진행합니다(critic_status pending 상태로 셀프 반영 안 함).

관련: Jira BIOP02-140, BIOP02-139(#6, 같은 묶음)