docs: ドキュメント全体の監査・多角的修正（3ラウンド）

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Summary

ドキュメント全体を「古い内容」「抜け」「多言語整合性」の3つの観点から3ラウンドの確認を経て修正。

Round 1 — 致命的な誤りと古いコマンド

• configure-auth.md (EN/JA): BEARER_TOKENS/API_KEYS をカンマ区切りで記載していたのをJSON配列形式に修正（カンマ区切りは JSONDecodeError になる）
• ja/reference/configuration.md: .env 例の CORS_ORIGINS/BEARER_TOKENS も同様に修正
• design-philosophy.md (EN/JA): 削除済みの uv run export-openapi を uv run python src/scripts/export_openapi.py に修正
• 全6言語のテスト数を 167+ に統一（EN:165+、JA/DE/FR/ZH/PT-BR:135+ がそれぞれ古かった）
• sqlalchemy-repository.md (EN): セクション番号 4→6 の飛びを修正・末尾の孤立```を削除
• todo/current.md: v0.2.0 作業中の TODO リスト（全タスク未完のまま放置）を v1.x 完了後の状態に更新

Round 2 — 抜けと不整合

• new-project.md (EN): BearerTokenMiddleware/ApiKeyAuthMiddleware/CORSMiddleware の import 文を追加（コード例がself-containedでなかった）
• configure-auth.md (EN/JA): TokenIssuerProtocol セクションを EN 版に追加して JA 版と整合化
• configure-auth.md (EN/JA): import パスを nene2.auth トップレベルに統一
• architecture.md (EN/JA): schema.py の説明に「新規プロジェクトはドメイン別 ensure_schema()」の注記を追加
• ja/how-to/run-tests.md: テスト構造のサブディレクトリを EN 版に合わせて列挙（... で省略されていた）
• ja/how-to/sqlalchemy-repository.md: Section 5「transactional() を使った原子的マルチライト」を追加（EN 版にはあったが JA 版に欠落）

Round 3 — JA 版の欠けているページ

• docs/ja/how-to/new-project.md: 新規作成（EN 版 new-project.md の完全日本語翻訳）

Test plan

• uv run pytest — 167 tests passed, 91.77% coverage
• ドキュメントのみの変更（コード変更なし）

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