chore: 内部ドキュメントの整合性クリーンアップ

CLAUDE.md

@@ -281,20 +281,31 @@ docker compose up app
 src/
   nene2/              フレームワークコア
     http/             JSON レスポンス・ページネーション・Problem Details
-    middleware/       ミドルウェアパイプライン
+    middleware/       ミドルウェアパイプライン（Error / Security / RequestId / Logging / SizeLimit / Throttle）
     validation/       ValidationException / ValidationError
     config/           型付き設定オブジェクト（AppSettings）
-    mcp/              MCP サーバー（未実装）
+    auth/             TokenVerifierProtocol / BearerTokenMiddleware / ApiKeyAuthMiddleware
+    database/         SqlAlchemyQueryExecutor / SqlAlchemyTransactionManager
+    mcp/              LocalMcpServer / HttpxMcpClient
+    log/              structlog セットアップ
+    use_case/         UseCaseProtocol / AsyncUseCaseProtocol
   example/            リファレンス実装
-    note/             Note ドメイン (entity / repository / use_case / handler)
-    tag/              Tag ドメイン（未実装）
+    note/             Note ドメイン（entity / repository / use_case / handler / sqlalchemy_repository）
+    tag/              Tag ドメイン（entity / repository / use_case / handler / sqlalchemy_repository）
+    comment/          Comment ドメイン（Note に紐付く nested ドメイン）
     app.py            アプリケーションファクトリ
+    mcp.py            MCP サーバー（Note / Tag / Comment 全 15 ツール）
 
 tests/                pytest テスト（src/ を鏡像）
 docs/
   adr/                設計決定記録（変更理由を残す）
-  howto/              How-to ガイド
-  field-trials/       AI 実装検証記録
+  how-to/             How-to ガイド
+  howto/              MCP セットアップガイド
+  field-trials/       フィールドトライアル記録（FT1〜FT3）
+  tutorials/          チュートリアル
+  explanation/        アーキテクチャ解説
+  reference/          設定・モジュールリファレンス
+  ja/                 日本語ドキュメント（上記すべての翻訳）
 .github/workflows/    CI（GitHub Actions）
 ```
 

README.md

@@ -11,7 +11,9 @@ NENE2 の設計哲学を Python で実装したリファレンスフレームワ
 - **mypy strict** — PHP 版 PHPStan level 8 相当の型安全性
 - **ruff** — Lint + Format 一体型ツール
 - **RFC 9457 Problem Details** — 統一エラーレスポンス
-- **MCP 対応予定** — AI エージェントとのネイティブ統合
+- **Bearer Token / API Key 認証** — `LocalTokenVerifier` で設定ゼロ
+- **MCP 対応** — `LocalMcpServer` で UseCase を AI エージェントに公開
+- **SQLAlchemy Core** — ORM なし・生 SQL でシンプルな永続化
 
 ## 開発コマンド
 

docs/field-trials/2026-05-field-trial-2.md

@@ -131,10 +131,10 @@ configuration.md に `DB_ADAPTER` 別の `db_url` 生成例を追記すれば解
 
 | ID  | 摩擦                                      | 深刻度 | 種別               | Follow-up Issue |
 |-----|-------------------------------------------|--------|--------------------|-----------------|
-| F-1 | `dict[str, Any]` → entity キャストパターン不明 | 中     | ドキュメント       | TBD             |
-| F-2 | スキーマ管理（`ensure_schema`）の指針なし  | 高     | ドキュメント不足   | TBD             |
-| F-3 | `write()` 返り値の型・意味が不明確        | 中     | API/ドキュメント   | TBD             |
-| F-5 | `db_url` 生成規則が不透明                 | 低     | ドキュメント       | TBD             |
+| F-1 | `dict[str, Any]` → entity キャストパターン不明 | 中     | ドキュメント       | #73             |
+| F-2 | スキーマ管理（`ensure_schema`）の指針なし  | 高     | ドキュメント不足   | #73             |
+| F-3 | `write()` 返り値の型・意味が不明確        | 中     | API/ドキュメント   | #74             |
+| F-5 | `db_url` 生成規則が不透明                 | 低     | ドキュメント       | #75             |
 
 FT1 で修正した F-4〜F-7（ミドルウェアスタック・`request_validation_error_handler`）は
 今回ドキュメント通りに実装でき、**修正が機能していることを確認**。

docs/field-trials/2026-05-field-trial-3.md

@@ -118,9 +118,9 @@ Windows 上の Claude Desktop から WSL2 の uv プロジェクトを呼ぶに
 
 | ID  | 摩擦                                          | 深刻度 | 種別             | Follow-up Issue |
 |-----|-----------------------------------------------|--------|------------------|-----------------|
-| F-1 | `list[str]` の `.env` 書き方が JSON 形式と知らない | 高     | ドキュメント不足 | TBD             |
-| F-2 | MCP と HTTP API がメモリ共有しないことが不明確     | 中     | 設計説明不足     | TBD             |
-| F-3 | Claude Desktop WSL2 設定例がない                  | 中     | ドキュメント不足 | TBD             |
+| F-1 | `list[str]` の `.env` 書き方が JSON 形式と知らない | 高     | ドキュメント不足 | #81             |
+| F-2 | MCP と HTTP API がメモリ共有しないことが不明確     | 中     | 設計説明不足     | #82             |
+| F-3 | Claude Desktop WSL2 設定例がない                  | 中     | ドキュメント不足 | #83             |
 
 FT2 で修正した SQLite 関連ドキュメント（#73〜#75）の効果は確認できた。
 

docs/roadmap.md

@@ -127,8 +127,12 @@ PHP 版追跡・Python 固有の強化:
 - [x] MySQL / PostgreSQL repository 実装 (#40)
 - [x] 非同期対応: `AsyncUseCaseProtocol` + `nene2.use_case` パッケージ (#42)
 - [x] Diátaxis 構造のドキュメント整備（tutorial / howto / explanation / reference）(#43)
+- [x] Field Trial 1: InMemory CRUD + git+ インストール検証 (#67)
+- [x] Field Trial 2: SQLite 永続化リポジトリ DX 検証 (#72)
+- [x] Field Trial 3: Bearer Token 認証 + MCP stdio DX 検証 (#80)
+- [ ] Field Trial 4: MCP + SQLite 共有 / ApiKey / CORS 検証
+- [ ] PyPI パッケージ公開（FT4 完了後）
 - [ ] WebSocket サポート検討
-- [ ] PyPI パッケージ公開
 
 ---