Code and material for comparison of DPI pruning of networks (MI methods) and jaccard index strategy for generating and pruning networks using biological meaningful contexts.
To-do list:
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Obtener lista de genes usados por Enrique para inferir las redes de cancer de mama, basadas en los 1200 analisis de expresion.
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Elejir y minar bases de datos para obtener el contexto biologico al que estan vinculados cada uno de los genes. Algunas bases de datos posibles son: Gene Ontology (http://www.geneontology.org), OMIM (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim), Hudine (http://hudine.neu.edu/), etc.
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Integrar las bases de datos en un modelo y coparar con la redeinferida y pruneada con Aracne.