Este repositório tem como objetivo documentar e armazenar o método de processamento feito para análises downstream no R de dados de RNA-seq em tecido muscular de camundongos.
Não contém dados brutos, apenas scripts e fluxos de análise utilizados após o pré-processamento.
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Entrada de dados
- Matrizes de expressão gênica já processadas pelo pipeline SARA
- Dados de RNA-seq previamente passaram pelo QC, foram alinhados e quantificados
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Processamento no R
- Normalização das matrizes de expressão (via DESeq2)
- Identificação de genes diferencialmente expressos
- Correlações com variáveis experimentais
- Visualizações gráficas (heatmaps, PCA, volcano plots)
- Análise de co-expressão (via CEMiTool)
- enriquecimento com Gene Ontoloty
- Interactoma feito com base dados do StringDB, filtrado para mus musculus
- Estimativa de sequências virais:
- As leituras foram alinhadas contra o genoma viral para estimar a quantidade relativa de vírus sequenciado
- Esses valores foram contador com o featureCounts e normalizados com edgeR
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Deconvolução celular
- Ferramenta: xCIBERSORT.
- Assinatura específica para tecido muscular:
Muscle.sig.matrix.csv. - Objetivo: estimar proporções de células imunes presentes no tecido muscular.
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Enriquecimento de vias:
- Processado pelo IPA
- Configurações:
- o próprio dataset como universo de comparação
- Nodes Types: Transcription Regulators, Cytokines, Kinases, Receptors, Enzymes Growth Factors.
- Tissues & Cell Lines: cells
- Bancos de dados: Ingenuity Knowledge Base (IKB) + Third Party: Protein–Protein Interactions (PPI) and miRNA–mRNA relationship
- Extraídas informações de upstream, canonical pathways e disease and biological functions
- Ao identificar as vias de interesse, exportar todos os genes que compõem a via e comparar com a expressão dos genes normalizada