docs: 同步 0.12.5 架构文档与待实施路线图

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部分计划仍将已交付功能列为待办，配置与 Host 说明也保留旧版本行为。此次将文档对齐 0.12.5：收敛当前路线图和待实施计划，补充架构、数据流及检查关口，更新构建、Skill 同步和运行身份说明，保留历史记录并修复历史链接。

待办明确区分静态审查风险与已验证故障，保留客户端重连、真实 Repomix 包兼容性等验收缺口。未修改生产代码、依赖或软件版本。

验证：14 份 Markdown、85 个本地链接、代码围栏、维护命令和版本核对通过；Skill 安装一致性及 git diff --check 通过。已有核心回归结果仅作为历史证据，非本轮新执行；外链存活和 Mermaid 渲染未重测。远端必需 CI/CodeQL 检查在本 PR 执行。