stevezkw1998 · stevezkw1998 · Aug 21, 2026 · Aug 20, 2026 · Aug 20, 2026 · Aug 21, 2026
diff --git a/.githooks/pre-commit b/.githooks/pre-commit
@@ -0,0 +1,47 @@
+#!/bin/sh
+set -eu
+
+export PYTHONUTF8=1
+export LC_ALL=en_US.UTF-8
+export LANG=en_US.UTF-8
+
+expected_name="stevezkw"
+author_ident="$(git var GIT_AUTHOR_IDENT)"
+committer_ident="$(git var GIT_COMMITTER_IDENT)"
+
+case "$author_ident" in
+  "$expected_name <"*) ;;
+  *)
+    echo "pre-commit: author must be '$expected_name'; got: $author_ident" >&2
+    exit 1
+    ;;
+esac
+
+case "$committer_ident" in
+  "$expected_name <"*) ;;
+  *)
+    echo "pre-commit: committer must be '$expected_name'; got: $committer_ident" >&2
+    exit 1
+    ;;
+esac
+
+git diff --cached --check
+
+changed_paths="$(git diff --cached --name-only --diff-filter=ACMR)"
+
+if printf '%s\n' "$changed_paths" | grep -Eq '^\.githooks/(pre-commit|pre-push)$'; then
+  sh -n .githooks/pre-commit .githooks/pre-push
+fi
+
+if printf '%s\n' "$changed_paths" | grep -Eq '^(README(\.[^.]+)?\.md|i18n/(glossary\.md|readme_state\.json)|scripts/readme_i18n\.py|tests/test_readme_i18n\.py)$'; then
+  python3 scripts/readme_i18n.py check
+  uv run pytest -q tests/test_readme_i18n.py
+fi
+
+if printf '%s\n' "$changed_paths" | grep -Eq '^(src|scripts|tests)/.*\.py$'; then
+  uv run ruff check src scripts tests
+fi
+
+if printf '%s\n' "$changed_paths" | grep -Eq '^(src/neorepro/(audit|cli|metrics)\.py|tests/test_(audit_cli|metrics)\.py)$'; then
+  uv run pytest -q tests/test_audit_cli.py tests/test_metrics.py
+fi
diff --git a/.githooks/pre-push b/.githooks/pre-push
@@ -0,0 +1,9 @@
+#!/bin/sh
+set -eu
+
+export PYTHONUTF8=1
+export LC_ALL=en_US.UTF-8
+export LANG=en_US.UTF-8
+
+python3 scripts/readme_i18n.py check
+uv run pytest -q
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -11,6 +11,8 @@ __pycache__/
 *.py[cod]
 .pytest_cache/
 .ruff_cache/
+.bootstrap_checkpoint.json
+.bootstrap_checkpoint.json.tmp
 .coverage
 htmlcov/
 build/
@@ -35,6 +37,8 @@ results/raw_predictions/**
 !results/raw_predictions/improve/baselines/loso/*.csv
 !results/raw_predictions/zhao/
 !results/raw_predictions/zhao/*.csv
+!results/raw_predictions/rcc/
+!results/raw_predictions/rcc/*.csv
 !results/raw_predictions/improve/expanded_9_10/
 !results/raw_predictions/improve/expanded_9_10/*.csv
 results/raw_predictions/improve/peptide_sensitivity/

diff --git a/FINAL_REPORT.md b/FINAL_REPORT.md
@@ -24,6 +24,12 @@ This cohort is complementary, not a pure biological replication. Peptide-pulsed
 
 On the original IMPROVE 9–10mer subset, the expanded model set retained the original direction: PRIME AUROC 0.605, BigMHC 0.547, DeepImmuno-CNN 0.527 on its 11,036 supported records, and DeepHLApan 0.508. Thus the external reversal is not explained merely by adding the two older models; it is specifically a dataset/endpoint-domain change.
 
+## RCC cohort and reusable-resource extension
+
+A second endpoint-distinct vaccine extension adds 129 individually assayed short peptides from nine RCC vaccine recipients. Its protocol was frozen before prediction, its source workbook is checksum-pinned, and no known exact PRIME2, BigMHC-construction or DeepImmuno training overlap was identified. Because the cohort is small, uses source-predicted HLA assignments and measures post-vaccination in-vitro stimulation, its results are descriptive and do not establish natural presentation, untreated immunogenicity, clinical efficacy or a universal predictor order. All quantitative RCC results and uncertainty intervals are generated into `paper/manuscript_resource.md` from `results/analysis/rcc/metrics.json`.
+
+The repository now also includes an expanded public-artifact census and a machine-validated extension contract for datasets, predictors and standardized prediction artifacts. Heterogeneous or failed tools remain visible in the registry but are not promoted into the peptide–HLA benchmark. Three-domain stability outputs are explicitly exploratory, task-stratified and conditional on observed support.
+
 ## Robustness and interpretation
 
 - Excluding 35 peptides seen in PRIME2 training only under another HLA left the main direction unchanged (BigMHC AUROC 0.545; PRIME 0.596). Excluding 18 additional same-HLA, same-length Hamming-distance-one records did likewise (0.546; 0.596).

diff --git a/Makefile b/Makefile
@@ -3,7 +3,7 @@ export LC_ALL := en_US.UTF-8
 export LANG := en_US.UTF-8
 PY := uv run python
 
-.PHONY: install setup-predictors download-improve build-improve audit-improve extension download-zhao build-zhao audit-zhao predict-zhao evaluate-zhao predict-expanded-improve evaluate-expanded-improve \
+.PHONY: install setup-predictors contract-gate release-boundary predictor-census external-funnel rcc evaluate-rcc stability download-improve build-improve audit-improve extension download-zhao build-zhao audit-zhao predict-zhao evaluate-zhao predict-expanded-improve evaluate-expanded-improve \
 	predict-improve baselines-improve evaluate-improve hla-improve figures manuscript \
 	sensitivity-improve build-peptide-sensitivity evaluate-peptide-sensitivity \
 	evaluate-peptide-hla-rank-sensitivity build-fixed-sensitivities \
@@ -14,6 +14,47 @@ PY := uv run python
 install:
 	uv sync --extra dev --extra analysis
 
+contract-gate:
+	cd /tmp && PYTHONPATH="$(CURDIR)/src" uv run --no-project --with pytest python -m neorepro.cli dataset validate "$(CURDIR)/contracts/dataset-card.example.json"
+	cd /tmp && PYTHONPATH="$(CURDIR)/src" uv run --no-project --with pytest python -m neorepro.cli predictor validate "$(CURDIR)/contracts/predictor-card.example.json"
+	cd /tmp && PYTHONPATH="$(CURDIR)/src" uv run --no-project --with pytest python -m neorepro.cli artifact "$(CURDIR)/contracts/synthetic/predictions.csv" --benchmark "$(CURDIR)/contracts/synthetic/benchmark.csv"
+	cd /tmp && PYTHONPATH="$(CURDIR)/src" uv run --no-project --with pytest python -m neorepro.cli evaluate "$(CURDIR)/contracts/synthetic/benchmark.csv" "$(CURDIR)/contracts/synthetic/predictions.csv" \
+		--output /tmp/neorepro-contract-evaluation.json --report /tmp/neorepro-contract-evaluation.md
+	cd /tmp && PYTHONPATH="$(CURDIR)/src" uv run --no-project --with pytest pytest "$(CURDIR)/tests/test_contract.py" -q
+
+release-boundary:
+	$(PY) scripts/audit_release_boundary.py
+
+predictor-census:
+	$(PY) scripts/reproduce_public_predictors.py
+
+external-funnel:
+	$(PY) scripts/validate_external_cohort_funnel.py
+
+rcc:
+	$(PY) scripts/build_rcc_benchmark.py --input data/raw/rcc_2025_table2.xlsx \
+		--output data/processed/rcc_vaccine_benchmark.csv --summary data/rcc_vaccine_summary.json
+	$(PY) scripts/audit_external_training_overlap.py \
+		--benchmark data/processed/rcc_vaccine_benchmark.csv \
+		--prime2-archive data/raw/prime2_table_s4.xlsx \
+		--output research/training_overlap_audit_rcc.csv \
+		--summary research/training_overlap_summary_rcc.json
+	$(MAKE) evaluate-rcc
+
+evaluate-rcc:
+	PYTHONPATH=src $(PY) scripts/evaluate_benchmark.py \
+		--benchmark data/processed/rcc_vaccine_benchmark.csv \
+		--predictions results/raw_predictions/rcc/*.csv \
+		--output-dir results/analysis/rcc --bootstrap 2000 --seed 20260820
+
+stability:
+	$(PY) scripts/analyze_stability.py \
+		--benchmark data/processed/improve_benchmark.csv data/processed/zhao_vaccine_benchmark.csv data/processed/rcc_vaccine_benchmark.csv \
+		--prediction-dir results/raw_predictions/improve results/raw_predictions/zhao results/raw_predictions/rcc \
+		--output-dir results/analysis/stability --bootstrap 2000 --seed 20260820
+	$(PY) scripts/render_stability_figure.py
+
+
 setup-predictors:
 	$(PY) scripts/setup_predictors.py --accept-academic-licenses
 
@@ -218,7 +259,7 @@ figures: evaluate-improve baselines-improve hla-improve
 		--loso results/analysis/improve/baselines/loso/metrics.json \
 		--hla results/analysis/improve/hla_sensitivity.csv
 
-manuscript: figures sensitivity-improve
+manuscript: figures sensitivity-improve evaluate-rcc stability external-funnel contract-gate
 	$(PY) scripts/build_manuscript.py
 
 manifest: manuscript validate-metrics
@@ -232,7 +273,7 @@ validate-metrics: evaluate-improve baselines-improve sensitivity-improve
 reproduce-results: install
 	$(MAKE) verify-reproduction
 
-verify-reproduction: manifest
+verify-reproduction: manifest release-boundary
 	$(MAKE) test
 
 # Also download source data and install/run licensed third-party predictors.

diff --git a/README.de.md b/README.de.md
@@ -2,6 +2,10 @@
 
 # NeoRepro
 
+> 🧪 **[Wir suchen aktiv externe Gutachterinnen und Gutachter sowie Autorinnen und Autoren von Prädiktoren.](https://github.com/stevezkw1998/NeoRepro/issues/2)**
+>
+> Plausibilitätsprüfungen von 15–30 Minuten, Reproduktionsversuche, Datensatzvorschläge und kritische Gegenprüfungen sind willkommen.
+
 [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.22037063.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.22037063)
 
 NeoRepro ist eine reproduzierbare, patientenbezogene Benchmark-Ressource für öffentliche MHC-I-Peptid–HLA-Neoantigen-Prädiktoren unter Berücksichtigung von Datenlecks. Sie bündelt festgeschriebene Prädiktor-Artefakte, Provenienz auf Datensatzebene, Prüfungen auf Überschneidungen mit Trainingsdaten, Vergleiche auf einer gemeinsamen Auswertungsmenge, patientenbezogene Unsicherheit, an die Abdeckung angepasste Zufallsreferenzen und maschinell erzeugte Ergebnisse.
@@ -13,17 +17,21 @@ Der Beitrag ist eine Benchmark- und Forschungsressource, kein neuer Prädiktor u
 - **Aktuelles Manuskript:** [als Ressource positioniertes Manuskript](paper/manuscript_resource.md).
 - **Evidenz in zwei Minuten:** [zweisprachige Expertenübersicht](output/pdf/neorepro_expert_brief_bilingual.pdf) und [Zusammenfassung der unabhängigen Kohortenerweiterung](reports/extension_summary.md).
 - **Festgeschriebene Ergebnisse reproduzieren:** den Befehl im Abschnitt „Reproduktion“ verwenden.
+- **Eigenen Prädiktor benchmarken:** `neorepro benchmark predictions.csv --output-dir neorepro-results` ausführen; siehe [Standardvertrag für eine einzelne Datei](contracts/README.md).
+- **Drittanbieter-Datensatz oder -Prädiktor hinzufügen:** den [plug-in contract](contracts/README.md) verwenden.
 - **Feste Version zitieren:** [CITATION.cff](CITATION.cff), [v0.1.1 release](https://github.com/stevezkw1998/NeoRepro/releases/tag/v0.1.1) und [Zenodo DOI 10.5281/zenodo.22037064](https://doi.org/10.5281/zenodo.22037064).
 
 Der wissenschaftliche Vertrag und Umfang stehen in [RESEARCH_SPEC.md](RESEARCH_SPEC.md).
 
 ## Status
 
 - Aktuelle Literaturprüfung: abgeschlossen; Entscheidung `RESCOPE, then GO`
-- Reproduzierte Prädiktoren: MHCflurry 2.2.1, BigMHC v1.0, PRIME 2.0, DeepImmuno-CNN und DeepHLApan
+- Benchmark-Prädiktoren: MHCflurry 2.2.1, BigMHC v1.0, PRIME 2.0, DeepImmuno-CNN und DeepHLApan; für sieben weitere öffentliche Werkzeuge liegen versionierte Profil-, Nichtvergleichbarkeits- oder Fehlschlagsnachweise vor
 - TESLA-Pilot: abgeschlossen; als Positivkontrolle für Trainingsdatenüberschneidung neu eingestuft
 - Primärer Benchmark: IMPROVE, 17,475 nach Leakage-Filterung verbleibende Datensätze, 70 Patienten, 3 Kohorten
 - Primäre IMPROVE-Inferenz: abgeschlossen; 52,425 Vorhersagen fester Werkzeuge ohne fehlende Datensätze
+- Externe Domänen: Zhao-Impfkohorte sowie eine separat festgeschriebene RCC-Impfkohorte mit 129 Datensätzen und 9 Patienten
+- Wiederverwendbare Erweiterungsschnittstelle: maschinell validierte Dataset Cards, Predictor Cards und Verträge für Vorhersageartefakte
 - Manuskript: [Ressourcenfassung](paper/manuscript_resource.md), aus festgeschriebenen Ergebnisdateien erzeugt; unabhängige statistische und biologische Prüfung abgeschlossen
 
 ## Hauptergebnis
@@ -46,7 +54,7 @@ Unabhängige bootstrap-Analysen werden von Make parallelisiert. Bei begrenzter C
 - **Prüfbare Ausgaben:** [endgültige Ergebnistabelle](results/final_results.csv), [Abbildungen](results/figures/), [Prüfung auf Trainingsüberschneidungen](research/training_overlap_summary_improve.json) und [SHA-256-Manifest](results/manifest.json).
 - **Publikationsplanung:** [Strategie für Zielzeitschriften](reports/target_venues_2026-08-20.md).
 
-Die unabhängige Erweiterung um die Zhao 2026-Impfkohorte lässt sich mit `make -j4 extension` reproduzieren. Die kompakte Evidenzübersicht steht in [reports/extension_summary.md](reports/extension_summary.md), der vor der Inferenz festgeschriebene Studienvertrag in [research/extension_protocol.json](research/extension_protocol.json). Der externe Endpunkt ist ELISPOT nach der Impfung und Verabreichung peptidgepulster dendritischer Zellen; er darf nicht als natürliche Tumorpräsentation oder klinische Wirksamkeit interpretiert werden.
+Die unabhängige Erweiterung um die Zhao 2026-Impfkohorte lässt sich mit `make -j4 extension` reproduzieren. Die kompakte Evidenzübersicht steht in [reports/extension_summary.md](reports/extension_summary.md), der vor der Inferenz festgeschriebene Studienvertrag in [research/extension_protocol.json](research/extension_protocol.json). Die separat festgeschriebene RCC-Erweiterung steht in [research/extension_protocol_rcc_v1.json](research/extension_protocol_rcc_v1.json), explorative Stabilitätsausgaben für drei Domänen unter `results/analysis/stability/`. Beide externen Endpunkte wurden nach der Impfung erhoben und dürfen nicht als natürliche Tumorpräsentation oder klinische Wirksamkeit interpretiert werden.
 
 ## Lizenz
 

diff --git a/README.es.md b/README.es.md
@@ -2,6 +2,10 @@
 
 # NeoRepro
 
+> 🧪 **[Buscamos activamente revisores externos y autores de predictores.](https://github.com/stevezkw1998/NeoRepro/issues/2)**
+>
+> Agradecemos comprobaciones de coherencia de 15–30 minutos, intentos de reproducción, sugerencias de conjuntos de datos y críticas adversariales.
+
 [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.22037063.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.22037063)
 
 NeoRepro es un recurso de evaluación reproducible, sensible a la fuga de datos y a nivel de paciente para predictores públicos de neoantígenos péptido–HLA de MHC-I. Reúne artefactos de predictores fijados, procedencia por registro, auditorías de solapamiento con datos de entrenamiento, comparaciones sobre soporte común, incertidumbre a nivel de paciente, referencias aleatorias ajustadas al soporte y resultados generados automáticamente.
@@ -13,17 +17,21 @@ Es una contribución de referencia y recursos, no un predictor nuevo ni una afir
 - **Manuscrito actual:** [manuscrito orientado como recurso](paper/manuscript_resource.md).
 - **Resumen de la evidencia en dos minutos:** [informe bilingüe para expertos](output/pdf/neorepro_expert_brief_bilingual.pdf) y [resumen de la extensión con cohorte independiente](reports/extension_summary.md).
 - **Reproducir los resultados fijados:** usar el comando de la sección «Reproducción».
+- **Evaluar su propio predictor:** ejecutar `neorepro benchmark predictions.csv --output-dir neorepro-results`; consultar el [contrato estándar de un solo archivo](contracts/README.md).
+- **Añadir un conjunto de datos o predictor de terceros:** consultar el [plug-in contract](contracts/README.md).
 - **Citar una versión fija:** [CITATION.cff](CITATION.cff), [v0.1.1 release](https://github.com/stevezkw1998/NeoRepro/releases/tag/v0.1.1) y [Zenodo DOI 10.5281/zenodo.22037064](https://doi.org/10.5281/zenodo.22037064).
 
 El contrato científico y el alcance están en [RESEARCH_SPEC.md](RESEARCH_SPEC.md).
 
 ## Estado
 
 - Auditoría de la literatura actual: completa; decisión `RESCOPE, then GO`
-- Predictores reproducidos: MHCflurry 2.2.1, BigMHC v1.0, PRIME 2.0, DeepImmuno-CNN y DeepHLApan
+- Predictores evaluados: MHCflurry 2.2.1, BigMHC v1.0, PRIME 2.0, DeepImmuno-CNN y DeepHLApan; otros siete instrumentos públicos conservan registros versionados de perfil, no comparabilidad o fallo de reproducción
 - Piloto TESLA: completo; reclasificado como control positivo de solapamiento con entrenamiento
 - Evaluación principal: IMPROVE, 17,475 registros tras filtrar fugas, 70 pacientes y 3 cohortes
 - Inferencia principal de IMPROVE: completa; 52,425 predicciones de herramientas fijas sin registros ausentes
+- Dominios externos: cohorte de vacunación Zhao y una cohorte RCC fijada por separado con 129 registros y 9 pacientes
+- Interfaz de extensión reutilizable: Dataset Cards, Predictor Cards y contratos de artefactos de predicción validados por máquina
 - Manuscrito: [versión orientada como recurso](paper/manuscript_resource.md), generada a partir de resultados fijados; revisión estadística y biológica independiente completada
 
 ## Resultado principal
@@ -46,7 +54,7 @@ Make paraleliza los análisis bootstrap independientes. Use `make reproduce-resu
 - **Resultados auditables:** [tabla final de resultados](results/final_results.csv), [figuras](results/figures/), [auditoría de solapamiento con entrenamiento](research/training_overlap_summary_improve.json) y [manifiesto SHA-256](results/manifest.json).
 - **Planificación del envío:** [estrategia de revistas objetivo](reports/target_venues_2026-08-20.md).
 
-La extensión independiente con la cohorte de vacunación Zhao 2026 se reproduce con `make -j4 extension`. El resumen conciso de la evidencia está en [reports/extension_summary.md](reports/extension_summary.md), y el contrato congelado antes de la inferencia en [research/extension_protocol.json](research/extension_protocol.json). El criterio externo es ELISPOT posterior a la vacunación tras administrar células dendríticas pulsadas con péptidos; no debe interpretarse como presentación tumoral natural ni eficacia clínica.
+La extensión independiente con la cohorte de vacunación Zhao 2026 se reproduce con `make -j4 extension`. El resumen conciso de la evidencia está en [reports/extension_summary.md](reports/extension_summary.md), y el contrato congelado antes de la inferencia en [research/extension_protocol.json](research/extension_protocol.json). La extensión RCC fijada por separado está en [research/extension_protocol_rcc_v1.json](research/extension_protocol_rcc_v1.json), y las salidas exploratorias de estabilidad de tres dominios en `results/analysis/stability/`. Ambos criterios externos son posteriores a la vacunación y no deben interpretarse como presentación tumoral natural ni eficacia clínica.
 
 ## Licencia