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PaperMind

AI 驱动的学术论文研究工作流平台

从「搜索论文」进化为「理解领域」

Python FastAPI React TypeScript Tailwind SQLite License LLM

让 AI 成为你的研究助理 —— 自动追踪、智能分析、知识图谱、学术写作，一站式搞定！

🚀 快速开始

Docker 部署（生产推荐）

# 1️⃣ 克隆项目
git clone https://github.com/Color2333/PaperMind.git && cd PaperMind

# 2️⃣ 配置环境变量
cp .env.example .env
vim .env  # 至少填写 LLM API Key

# 3️⃣ 一键部署
docker compose up -d --build

# 4️⃣ 访问服务
# 🌐 前端：http://localhost:3002
# 📡 后端 API: http://localhost:8002
# 📚 API 文档：http://localhost:8002/docs

本地开发

# 1️⃣ 克隆项目
git clone https://github.com/Color2333/PaperMind.git && cd PaperMind

# 2️⃣ 一键初始化（推荐）
python scripts/dev_setup.py

# 或手动初始化：
python -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e ".[llm,pdf]"
cp .env.example .env
vim .env  # 填入 LLM API Key
python scripts/local_bootstrap.py

# 3️⃣ 启动后端
uvicorn apps.api.main:app --reload --port 8000

# 4️⃣ 启动前端
cd frontend && npm install && npm run dev
# 🌐 打开 http://localhost:5173

站点认证（可选）

# 在 .env 中设置密码即可启用全站认证
AUTH_PASSWORD=your_password_here
AUTH_SECRET_KEY=your_random_secret_key

🎯 这是什么？

PaperMind 是一个面向科研工作者的 AI 增强平台，帮你从「搜索论文」进化为「理解领域」。

😫 以前 😎 现在
每天手动刷 arXiv，怕错过重要论文 自动订阅主题，新论文推送到邮箱
读论文从摘要开始，不知道值不值得精读 AI 粗读打分，快速筛选高价值论文
想了解领域发展，不知道从哪篇读起 知识图谱可视化，一眼看清引用脉络
写论文卡壳，不知道怎么表达 学术写作助手，润色/翻译/去 AI 味
文献综述耗时耗力，整理几百篇头大 Wiki 自动生成，一键产出领域综述

✨ 核心能力

🧠 认知重构工作流 (PaperSenseMaking)

「阅读→理解→重构」的完整论文工作流：

  • 📝 Act 1 理解 —— 摘要 + 关键发现，厘清论文核心
  • ⚡ Act 2 碰撞 —— 冲突 + 疑问，与已有知识对话
  • 🔄 Act 3 重构 —— 前后对比 + 认知变化，形成新认知
  • 📖 全文对照翻译 —— 段落级中英对照，支持两种模式，结果持久化（二次打开免重译）
    • ⚡ 快速翻译：1-2 分钟，PyMuPDF 分段 + 并发翻译
    • 📐 布局保留：3-5 分钟，PDFMathTranslate 完整排版（公式/图表保留）

💡 布局保留模式依赖 pdf2zh（pip install ".[pdf]" 已含），首次使用会联网下载翻译模型。

🤖 AI Agent 对话

你的智能研究助理，自然语言交互搞定一切：

  • 💬 SSE 流式对话 —— Claude 风格，实时响应
  • 🔧 工具链 —— 搜索/入库/分析/生成/写作自动调度
  • ✅ 用户确认机制 —— 重要操作等你点头再执行
  • 📜 对话历史持久化 —— 切页面不丢上下文
  • 🎯 AI 关键词建议 —— 描述研究方向 → 自动生成搜索词

📄 智能论文管理

从收录到精读，全流程自动化：

  • 🔄 多源订阅 —— ArXiv 关键词 + CSFeeds 论文源双重抓取
  • 🚫 论文去重检测 —— 避免重复处理浪费 token
  • 📦 递归抓取 —— 自动延伸更早期论文
  • ⚡ 并行处理 —— 粗读/精读/嵌入三管齐下
  • 💾 按需下载 PDF —— 入库不下载，精读才拉取

🕸️ 引用图谱

可视化你的研究领域：

  • 🌳 引用树 —— 单篇论文引用网络
  • 🌐 主题图谱 —— 跨主题引用关系
  • 🌉 桥接论文 —— 发现跨领域的核心工作
  • 🔬 研究前沿 —— 高被引 + 高引用的热点
  • 📊 共引聚类 —— 相关研究自动分组

📚 Wiki 自动生成

一键生成领域综述：

  • 📖 主题 Wiki —— 输入关键词，输出完整综述
  • 📄 论文 Wiki —— 单篇论文深度解读
  • 📊 实时进度条 —— 异步生成，自动刷新
  • 📜 历史版本 —— 所有生成内容可追溯

🔍 论文订阅源（CSFeeds）

发现你研究领域最重要的论文来源：

  • 🎯 关键词订阅 —— arXiv 关键词自动追踪
  • 📡 论文源订阅 —— 直接订阅 CSFeeds 热门论文
  • 📬 邮件推送 —— 新论文自动发送到邮箱
  • ⏰ 按主题独立调度 —— 每个主题独立抓取频率

✍️ 学术写作助手

来自顶尖研究机构的写作工具：

  • 🌏 中转英 / 英转中 —— 学术级翻译
  • ✨ 润色（中/英） —— 更地道的学术表达
  • 🤖 去 AI 味 —— 降低 AI 检测率
  • 📊 图表推荐 / 标题生成 —— 实验数据可视化建议

📖 沉浸式 PDF 阅读器

专注阅读，AI 随叫随到：

  • 📜 连续滚动 —— IntersectionObserver 页码追踪
  • 🔍 缩放/全屏/跳转 —— 键盘快捷键支持
  • 🌐 arXiv 在线代理 —— 无本地 PDF 也能读
  • ✨ 选中即问 —— AI 解释/翻译/总结

🔐 站点安全认证

保护你的研究资产：

  • 🔑 站点密码 —— 简单可靠，适合个人/小团队
  • 🎫 JWT Token —— 7 天有效期，自动续期
  • 🛡️ 全站保护 —— 所有 API 都需要认证

🔑 API 令牌与 pm CLI

让 pm CLI、Claude Code / ZCode 等 AI harness 安全访问你的 PaperMind：

  • 📱 设备码授权登录 —— pm login 打开浏览器确认设备码，自动签发长期令牌（类似 gh auth login）
  • 🛡️ 细粒度权限 —— read / write scope 按 HTTP 方法强制，网页端随时创建/吊销
  • 🩺 pm doctor —— 一条命令体检连通性与认证状态

⚙️ LLM 模型管理

灵活控制成本，按场景分配模型：

  • 📊 多配置管理 —— 支持多个 LLM 提供商配置，默认使用小米 MiMo（文本）+ MiMo（视觉）
  • 🔄 一键切换 —— 在设置页面随时激活不同配置
  • 🎯 场景映射 —— 粗读/精读/视觉/嵌入各有独立模型配置
  • 💰 成本优化 —— 每日预算守卫，自动降级控制成本
  • 📈 Token 追踪 —— 所有 API 调用自动记录成本和用量

默认模型配置（小米 MiMo）：

  • 文本任务（粗读/精读/翻译/写作）：mimo-v2-omni / mimo-v2.5-pro
  • 视觉任务（图表分析/OCR）：mimo-v2.5
  • 降级备用：mimo-v2.5-pro
  • 嵌入向量：text-embedding-v4（阿里百炼 DashScope）

🖥️ pm CLI 与 API 令牌

安装（你的电脑上，无需 Python）

# macOS / Linux：一键安装（自动识别平台，从 GitHub Releases 下载）
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Color2333/PaperMind/main/scripts/install-pm.sh | bash

# Windows（PowerShell）：
irm https://raw.githubusercontent.com/Color2333/PaperMind/main/scripts/install-pm.ps1 | iex

或到 Releases 手动下载对应平台二进制 （pm-darwin-arm64 / pm-darwin-x86_64 / pm-linux-x86_64 / pm-windows-x86_64.exe）， 放到 PATH 目录并 chmod +x。

macOS 首次运行如被 Gatekeeper 拦截：xattr -d com.apple.quarantine pm

开发者也可以从源码安装：pipx install /path/to/PaperMind，或本地构建单文件二进制 bash scripts/build-pm-cli.sh（输出 dist/pm）。

登录

# 设备码授权（推荐）：浏览器确认设备码后自动完成
pm login --server https://pm.your-domain.com

# 兜底：网页「设置 → API 令牌」创建后粘贴（SSH 等无浏览器环境）
pm login --token pmt_xxx

pm whoami    # 查看身份与权限
pm doctor    # 连通性体检
pm logout    # 吊销令牌并清除本地配置

配置存于 ~/.config/papermind/config.toml（权限 0600），也可用环境变量 PAPERMIND_SERVER_URL / PAPERMIND_TOKEN 覆盖。

权限模型

凭证 来源 权限
JWT（7 天） 网页密码登录 全部，含令牌管理
API 令牌 pmt_ 网页创建 / 设备码签发 scope 强制：GET → read，变更操作 → write；仅能吊销自己

数据库只存令牌 SHA-256 哈希，明文仅创建时返回一次；令牌管理接口（创建/列表/吊销他人）仅限网页会话。

接入 Claude Code / ZCode（MCP）

服务端 /mcp 同时接受静态 MCP_AUTH_TOKEN 与数据库 API 令牌：

# 用 pm login 签发的令牌接入 Claude Code
claude mcp add --transport http papermind https://pm.your-domain.com/mcp \
  --header "Authorization: Bearer pmt_xxx"

🏗️ 架构总览

┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
│                     Frontend (React 18)                      │
│  Agent │ Papers │ Wiki │ Graph │ Brief │ Collect │ Writing  │
│         路由懒加载 · Vite 代码分割 · SSE 跨页保活            │
└─────────────────────────┬───────────────────────────────────┘
                          │ REST + SSE (JWT Auth)
┌─────────────────────────┴───────────────────────────────────┐
│                      FastAPI Backend                         │
├─────────────┬─────────────┬─────────────┬───────────────────┤
│   Agent     │   Pipeline  │    RAG      │  Graph / Wiki /   │
│   Service   │   Engine    │   Service   │  Brief / Write    │
├─────────────┴─────────────┴─────────────┴───────────────────┤
│         Global TaskTracker (异步任务 + 实时进度)             │
│         右下角悬浮面板 · 分类图标 · 完成历史                │
├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
│           Unified LLM Client (连接复用 + TTL 缓存)           │
│         Xiaomi(MiMo) │ Zhipu │ OpenAI │ Anthropic         │
├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
│   SQLite (WAL)  │  ArXiv API  │  Semantic Scholar API       │
└─────────────────────────────────────────────────────────────┘
                            │
              ┌────────────┴────────────┐
              │   APScheduler Worker    │
              │   按主题独立调度         │
              │   每日简报 / 每周图谱    │
              └─────────────────────────┘

⚙️ 环境变量

变量 说明 默认值
LLM_PROVIDER LLM 提供商 (xiaomi/zhipu/openai/anthropic) xiaomi
XIAOMI_API_KEY 小米 MiMo API Key —
ZHIPU_API_KEY 智谱 API Key —
OPENAI_API_KEY OpenAI API Key —
ANTHROPIC_API_KEY Anthropic API Key —
LLM_MODEL_SKIM 粗读模型 mimo-v2-omni
LLM_MODEL_DEEP 精读模型 mimo-v2.5-pro
LLM_MODEL_VISION 视觉模型 mimo-v2.5
LLM_MODEL_FALLBACK 降级备用模型 mimo-v2.5-pro
EMBEDDING_MODEL Embedding 模型 text-embedding-v4
EMBEDDING_API_KEY Embedding API Key（阿里百炼 DashScope） —
EMBEDDING_BASE_URL Embedding 服务地址 https://dashscope.aliyuncs.com/compatible-mode/v1
EMBEDDING_DIMENSIONS Embedding 向量维度 1024
SITE_URL 生产域名 http://localhost:3002
AUTH_PASSWORD 站点密码（留空禁用认证） —
AUTH_SECRET_KEY JWT 密钥 —
COST_GUARD_ENABLED 成本守卫 true
DAILY_BUDGET_USD 每日预算 2.0
OPENALEX_EMAIL OpenAlex 邮箱（用于 API） —
IEEE_API_ENABLED 启用 IEEE 搜索 false
IEEE_API_KEY IEEE API Key —
SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY Semantic Scholar API Key —

完整配置见 .env.example

📡 API 速览

🔐 认证
方法 路径 说明
POST /auth/login 登录获取 JWT Token
GET /auth/status 查询认证状态
🤖 AI Agent
方法 路径 说明
POST /agent/chat Agent 对话（SSE 流式）
POST /agent/confirm/{id} 确认工具执行
POST /agent/reject/{id} 拒绝工具执行
📄 论文管理
方法 路径 说明
GET /papers/latest 论文列表（分页）
GET /papers/{id} 论文详情
POST /pipelines/skim/{id} 粗读
POST /pipelines/deep/{id} 精读
POST /pipelines/embed/{id} 生成嵌入向量
🕸️ 知识图谱
方法 路径 说明
GET /graph/citation-tree/{paper_id} 引文树
GET /graph/citation-detail/{paper_id} 引用详情
GET /graph/overview 全局概览
GET /graph/bridges 桥接论文
GET /graph/frontier 研究前沿
GET /graph/cocitation-clusters 共引聚类
GET /graph/timeline 时间线 + seminal
GET /graph/survey 领域综述
📚 Wiki
方法 路径 说明
GET /wiki/paper/{paper_id} 论文深度解读
GET /wiki/topic 获取主题 Wiki
POST /tasks/wiki/topic 生成主题综述
GET /generated/list 已生成内容列表
📡 订阅源（CSFeeds）
方法 路径 说明
GET /cs/categories arXiv CS 分类列表
GET /cs/feeds 列表订阅源
POST /cs/feeds 订阅论文源
POST /cs/feeds/{category_code}/fetch 手动触发抓取

⚡ 性能优化

类别 优化策略
首屏 KaTeX 字体 CDN + PDF Worker CDN + 重型库懒加载（-2.7MB）
前端 路由懒加载 · useMemo/useCallback · React.memo · RAF batching
数据库 SQLite WAL · 批量聚合查询 · Citation 索引
图谱 list_lightweight 轻量加载 · 90% 内存削减
LLM 连接复用 · 30s TTL 缓存 · 指数退避重试
任务 统一进度回调 · 粒度化进度报告 · 分类图标

📋 更新日志

v3.2 (2026-03-19) — 性能优化 + 全局任务系统重构

性能优化

  • KaTeX 字体 + PDF Worker 改为 CDN，首屏 -2.7MB
  • ForceGraph2D / react-pdf / react-markdown 懒加载
  • topic_stats N+1 查询改为批量聚合（401次→4次）
  • Citation 字段加索引，图谱查询加速
  • graph_service 全量加载改为轻量模式，内存 -90%
  • HTTP 客户端复用 + LLM 指数退避重试
  • 50+ 处 index-as-key 修复

任务系统重构

  • 统一进度回调签名（message, current, total）
  • TaskManager 合并到 global_tracker
  • fetch / cs_feed / weekly / figure_analysis 进度粒度增强
  • GlobalTaskBar 改为右下角悬浮面板（分类图标/颜色/历史）
  • ActiveTask 增加 category 字段

其他

  • CSFeeds 论文订阅源功能完善
  • Agent 对话体验优化
  • 前端状态管理优化，减少无效重渲染

v3.1 (2026-03-01) — 安全认证 + 稳定性增强

新功能

  • 🔐 站点密码认证 —— JWT Token 保护所有 API
  • 📄 PDF Token 认证 —— 文件访问也安全
  • 🔄 SSE 认证 —— Agent 对话等 SSE 请求携带认证

Bug 修复

  • 修复 TypeScript 编译失败
  • 恢复 GZipMiddleware 响应压缩
  • 恢复 logging_setup 统一日志格式
查看历史版本

v3.0 (2026-02-28) — 稳定性全面升级

v2.8 — 后端重构 + Agent 智能化

v2.7 — 多源引用 + 相似度地图

v2.5 — 知识图谱可视化

v2.0 — Agent 对话系统

v1.0 — 基础论文管理

🔧 开发

# 后端 lint
python -m ruff check .

# 前端类型检查
cd frontend && npx tsc --noEmit

# 数据库迁移（详见 infra/migrations/README.md）
alembic revision --autogenerate -m "描述"  # 修改模型后生成迁移
alembic upgrade head                       # 新库建表
alembic stamp head                         # 现有库纳入管理（不执行 DDL）

🙏 致谢

  • awesome-ai-research-writing — 写作助手 Prompt 模板来源
  • ArXiv — 开放论文平台
  • Semantic Scholar — 引用数据来源
  • CSFeeds — 论文源订阅服务
  • learn-claude-code — Agent Harness 工程体系启发，s01-s12 渐进式解构：Loop → Tools → Planning → Subagents → Skills → Context → Tasks → Background → Teams → Protocols → Autonomous
  • PaperSenseMaking — 论文阅读「阅读→理解→重构」工作流设计灵感

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