Kkkim pipeline - #10
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…886ee, doctor PASS 실측) ②신규 트리거 결정(openclaw CLI 팀 0/6 부재→codex 대체, 회의 상정). manifest 워커층은 두 결정 불변, CPU검증 선행 가능 재확인
오늘(2026-07-27) Genome Biology 27:242에 게재된 세 번째 종합 velocity 벤치마크. 우리 원고 타깃 저널이라 스쿱 점검이 필요해 전문(36p) 정독 후 kkkim paper_analysis 구조로 저장. paper_analysis/epigenomic-lag/wu-2026-velocity-benchmark/ - paper-info.yaml (scoop_check 블록 포함) - _abstract / _core / _lens-academic / _lens-industry / _methodology-brief - sources/ (.bib·.url·abstract.txt·fulltext 추출본; PDF는 gitignore 관례) 판정: 스쿱 아님. Luo[12]·Huang[13]과 같은 계열(임베딩 CBDir/ICVCoh 순위). 우리 6개 차별점을 전문 grep으로 검증 — 행렬 재현성(층②)·ATAC-shuffle 인과· chromatin-lag 감사·외부 rate 앵커·사전등록·MoFlow/CRAK 포함 전부 Wu에 없음 (shuffle 0·permutation 0·preregist 0·MoFlow 0·CRAK 0). ★ Wu의 Data 6 = GSE209878 + GSE284047 = 우리 HSPC 1차 데이터. 미인용 불가. 전략: 반드시 인용 + '무엇이 다른가' 문단 사활 + GB desk-reject 위험 상향 → BIOP01-75 저널 결정에 반영. BIOP01-77에 요지 코멘트 게시. _index는 build_index.py(외부 하네스) 소관이라 직접 편집 안 함 (paper-info.yaml이 정본). manuscript에 임시로 뒀던 SCOOP_CHECK 노트는 이 폴더로 이관하며 삭제.
기존 README는 2026-06-14(6792aa4)에서 멈춰 있었다. 그동안 바뀐 것이 README에 하나도 반영되지 않아, 리포의 첫 화면이 실제 상태와 어긋나 있었다. 정정한 것 - 제목이 "BioProject01 — kkkim-pipeline"이었다. 이 파일은 이제 main에 있다. - 하네스 정합성 게이트(harness.yaml + harness_doctor.py + 테스트 18종 + PR CI)가 통째로 빠져 있었다. PR #5→#7로 main에 들어간 것이 README에 없다. - "이 하네스는 OpenClaw로 실행한다"고 단언했다. 2026-07-27 실측 결과 팀 컨테이너 6개 중 openclaw CLI 설치는 0개다. 도입 미결 + 현재 실행수단(Claude Code/codex)으로 정정. - HANDOFF/TODO/SESSION-LOG를 "작업 기록"으로만 적어 새 clone에도 있는 것처럼 읽혔다. .gitignore 로컬 전용임을 명시. - 누락돼 있던 디렉터리 반영: .claude/, harness.yaml, scripts/, harness_after/, evals/, docs/, guide/, onboarding_gglee/, ai_scientist/, artifacts/, manuscript(심볼릭 링크). - paper_analysis 편수: dual-lens 14편 + 스쿱 점검 1편(todorovski)으로 구분. _index/papers.csv의 14는 dual-lens 기준이라 정합하다. 추가한 것 - 브랜치 지도 12개. main과의 차이는 git rev-list 실측(진행/archive/병합완료/미병합). - 연구 결론 한 문단. 단 수치는 싣지 않고 FINDINGS.md를 정본으로 가리킨다 (CLAUDE.md 방법론 주의 6 — 요약본의 숫자를 임계로 쓰지 않는다). - 담당표의 정본이 Confluence와 JIRA임을 명시. 개인별 배정 내역은 리포에 적지 않는다. 검증 - python scripts/harness_doctor.py --repo . --manifest harness.yaml → PASS, phantom_paths=0 - python harness_after/tests/test_harness_doctor.py → 18/18 OK - 작성 중 게이트가 이 README의 팬텀 경로 6건을 실제로 잡았다(브랜치 이름 3, 확장자 3). 게이트가 슬래시 든 백틱 토큰을 경로로 읽는 한계는 본문에 명시.
BIOP02-100 docs: README 재작성 — 정본(main) 기준 리포·브랜치 지도 + 하네스 게이트 반영
ai_scientist/ 문서·HTML 시각화를 main 브랜치로 이관(PR docs/ai-scientist-to-main). kkkim-pipeline은 HSPC 파이프라인 작업 브랜치로 유지하고 설계 문서는 main에 둔다.
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