P5 MoFlow run-to-run null 결과 확보 + 감사 스크립트 버그 수정 (BIOP01-63)

pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/moflow_runtorun_null.json

@@ -0,0 +1,73 @@
+{
+ "design": "MoFlow run-to-run null: identical full-cohort input, ATAC intact, independent re-run only",
+ "audit_genes": 354,
+ "orig_cells": 21878,
+ "sealed_criteria": {
+  "moflow_reproducible": "min-over-runs lower CI(centered ceiling) > max |near-zero pair centered cosine|",
+  "moflow_not_separable": "ceiling CI touches or falls below that threshold, or includes 0"
+ },
+ "near_zero_pairs_raw_excess": {
+  "MultiVelo × MoFlow": -0.012113868549931794,
+  "MoFlow × CRAK-Velo": 0.0026473532780073583,
+  "MoFlow × MultiVeloVAE": 0.0030109183862805367
+ },
+ "near_zero_pairs_centered": {
+  "MultiVelo × MoFlow": -0.01176658645272255,
+  "MoFlow × CRAK-Velo": 0.0019254691433161497,
+  "MoFlow × MultiVeloVAE": 0.0018753123003989458
+ },
+ "runs": [
+  {
+   "run": 1,
+   "n_gene": 354,
+   "n_cell": 21878,
+   "same_cells_as_first_run": null,
+   "centered_ci": [
+    0.9999053180217743,
+    0.9999030828475952,
+    0.9999077335000038
+   ],
+   "raw_median": 0.9997379779815674,
+   "raw_null": 0.36715182662010193,
+   "raw_excess": 0.6325861513614655,
+   "sign_agreement": 0.9983017955668275
+  },
+  {
+   "run": 2,
+   "n_gene": 354,
+   "n_cell": 21878,
+   "same_cells_as_first_run": true,
+   "centered_ci": [
+    0.9999053180217743,
+    0.9999030828475952,
+    0.9999077335000038
+   ],
+   "raw_median": 0.9997379779815674,
+   "raw_null": 0.3673593997955322,
+   "raw_excess": 0.6323785781860352,
+   "sign_agreement": 0.9983017955668275
+  }
+ ],
+ "run1_vs_run2": {
+  "n_gene": 354,
+  "centered_ci": [
+   1.0,
+   1.0,
+   1.0
+  ]
+ },
+ "shuffle_recompute": {
+  "centered_median": 0.11260438710451126,
+  "ci": [
+   0.11122911470010877,
+   0.11391775077208877
+  ],
+  "n_gene": 353
+ },
+ "verdict": "MOFLOW-REPRODUCIBLE (근접-0 쌍은 arm 불안정으로 설명 안 됨)",
+ "verdict_checks": {
+  "min_lower_ci_ceiling": 0.9999030828475952,
+  "near_zero_threshold": 0.01176658645272255,
+  "passes": true
+ }
+}

pipeline/hspc-velocity-benchmark/results/moflow_runtorun_null.md

@@ -0,0 +1,46 @@
+# MoFlow run-to-run null — 세포·ATAC 고정, 독립 재실행만 반복
+
+> 생성 = `scripts/p10g_moflow_runtorun_null_audit.py` (fit = `scripts/p2_moflow_runtorun_refit.py`).
+> 신규 격리 산출물이다. `velocity_matrix_audit.*` · `scrambled_null_moflow.md` · `FINDINGS.md` · draft 는 읽기만 하고 건드리지 않는다.
+
+## 0. 무엇을 재는가
+
+층② 세포x유전자 velocity 행렬 감사에서 MoFlow가 낀 근접-0 세 쌍은 method 간 실제 불일치인지 MoFlow 한 arm의 내부 불안정인지 구분되지 않았다(REVIEW-GB-2026-07-19b MAJOR-1). MultiVelo가 이미 가진 재현성 천장(재표본 재적합 대비 +0.826~+0.887)의 대응물을, MoFlow는 세포 bootstrap이 없으므로 **동일 입력 독립 재실행**으로 잰다.
+
+## 1. 근접-0 세 쌍 원값 (재계산 아님, 대조용)
+
+| pair | cell_cos_excess (원값, `velocity_matrix_audit.json`) | 중심화 코사인 (재계산) |
+|---|---|---|
+| MultiVelo × MoFlow | -0.0121 | -0.0118 |
+| MoFlow × CRAK-Velo | +0.0026 | +0.0019 |
+| MoFlow × MultiVeloVAE | +0.0030 | +0.0019 |
+
+## 2. MoFlow 재현성 천장 (원본 vs 독립 재실행)
+
+| run | n_cell | n_gene | 중심화 코사인 [95% CI] | raw 중앙값 | 세포-셔플 null | raw 초과분 | 부호일치 |
+|---|---|---|---|---|---|---|---|
+| 1 | 21878 | 354 | +0.9999 [+0.9999, +0.9999] | +0.9997 | +0.3672 | +0.6326 | 99.8% |
+| 2 | 21878 | 354 | +0.9999 [+0.9999, +0.9999] | +0.9997 | +0.3674 | +0.6324 | 99.8% |
+
+run1 대 run2(원본을 거치지 않은 직접 비교, n_gene=354): 중심화 코사인 +1.0000 [+1.0000, +1.0000]
+
+## 3. 셔플 Δ 재계산 (봉인 수치 재현)
+
+원본×MoFlow-scr 중심화 코사인 재계산 +0.1126 [+0.1112, +0.1139] (n_gene=353) — 봉인 보고 +0.113(`velocity_matrix_audit.md` §6)과 대조.
+
+## 4. 판정 대비 봉인 기준
+
+**MOFLOW-REPRODUCIBLE (근접-0 쌍은 arm 불안정으로 설명 안 됨)**
+
+- 가장 보수적인 run의 lower CI(천장) +0.9999 vs 근접-0 세 쌍 중심화 코사인 |값| 최댓값 0.0118 → True
+
+## 5. 한계
+
+- 재실행 축만 쟀다. MultiVelo 처럼 세포 재표본까지 곱한 이중 축은 MoFlow에 없다(전체 세포 단일 fit 구조이므로 bootstrap 축 자체가 성립하지 않는다).
+- run 수는 2로 적다. 분산 추정의 정밀도는 MultiVelo의 6-refit 천장보다 낮다.
+- 이 감사는 `velo_s`(cell x gene velocity 행렬) 축만 본다. DTW c-s lag(`cs_lag_median`) 축의 재현성 상한은 별도이며 `scrambled_null_moflow.md` §4의 유보가 그대로 유효하다.
+- 판정은 중심화 코사인 기준으로 봉인했다. raw 초과분(§1~2 표)은 대조용으로만 병기한다.
+
+## 산출물
+
+`results/moflow_runtorun_null.json` · `scripts/p10g_moflow_runtorun_null_audit.py` · `scripts/p2_moflow_runtorun_refit.py`