P5 MoFlow run-to-run null 결과 확보 + 감사 스크립트 버그 수정 (BIOP01-63)

[JamieLyu]

● ## 요약

• p2_moflow_runtorun_refit.py --runs 2 --gpu 실행 완료 (run1, run2 둘 다 세포집합이 legacy moflow.h5ad와 일치)
• p10g_moflow_runtorun_null_audit.py 실행 → 판정: MOFLOW-REPRODUCIBLE
  • run1/run2 재현성 천장: 중심화 코사인 +0.9999 [+0.9999, +0.9999] (부호일치 99.8%)
  • run1 vs run2 직접 비교: +1.0000
  • 근접-0 세 쌍(MV×MoFlow, MoFlow×CRAK-Velo, MoFlow×MultiVeloVAE) 중심화 코사인 |값| 최댓값 0.0118 → 천장이 압도적으로 높아 arm
    불안정으로 설명되지 않음
  • REVIEW-GB-2026-07-19b MAJOR-1 (1) 해소
• 부가: 셔플 Δ 재계산 +0.1126 [+0.1112, +0.1139]도 기존 봉인값 +0.113(velocity_matrix_audit.md §6)과 정합

버그 수정

recompute_shuffle_delta()가 moflow_scrambled.h5ad에 없는 유전자(CLEC7A 등)를 걸러내지 않고 조회하다 KeyError로 죽는 문제를,
메인 재현성 천장 루프에 이미 있던 gene-set 교집합 가드와 같은 패턴으로 수정. 봉인 판정 기준(runs, near_zero_pairs_centered)은 이
함수 결과와 무관하며, §3은 대조용 재현 확인일 뿐이라 판정 로직 자체는 변경 없음.

산출물

• results/moflow_runtorun_null.md / .json (신규)
• results/moflow_runtorun_refit/moflow_rr_run{1,2}_genes.csv (신규)
• results/runtime.csv (append)

Test plan

• p2_moflow_runtorun_refit.py --runs 2 --gpu 정상 완료, 세포집합 assert 통과
• p10g_moflow_runtorun_null_audit.py 정상 완료, moflow_runtorun_null.json/.md 생성 확인
• kkkim 리뷰: 판정(MOFLOW-REPRODUCIBLE)과 gene-set 가드 수정 확인
• (후속, 이 PR 범위 아님) draft_v2.md/draft_v2_ko.md + response-to-reviewers에 해소된 MAJOR-1 반영

Jira: BIOP01-63